起：9年前の事件

9年前、ルーデンドルフ ノース・ヤンクトンで大規模な銀行強盗が起こった。実行中心メンバーは、Michael De Santa(マイケル デ　サンタ)、Trevor Philips(トレバー　フィリップス)、Brad(ブラッド)であった。

だが、マイケルとブラッドは警察の攻撃により重傷を負い、トレバーは逃亡の身となった。マイケルは「死亡」、ブラッドは投獄され、トレバーはその消息が不明となっていた。

承：フランクリンとの出会い、トレバーとの再開

マイケルは実は死亡していなかった。FIB捜査官・David Norton(デイビッド ノートン)と取引をして、名前を変え、強盗稼業も引退し、安穏な生活を手に入れたはず…だった。だが、マイケルは家族に問題を抱え、息子のジミーは引きこもりのゲーマーであり、娘は芸能界入りを夢見て怪しい連中とつるんでいた。そして、妻は不倫して夫婦仲は悪かった。

息子・ジミーは、親の名義で勝手に車を購入。だが、その購入先は法外な値段と高い金利を要求し、車を回収するという詐欺を働くディーラーであった。そこで働くFranklin Clinton (フランクリン　クリントン)はいつものように、相手宅に侵入し、自動車を回収しようとしていた。

だが、その自動車の中に、マイケルが潜んでいたのだった。フランクリンに会社まで行かせて、社長を痛めつけ、詫びを入れさせたのだった。豪邸に住み、さらにはその鮮やかな手口に、フランクリンは魅かれ、マイケルの元を訪ねるようになる。

一方、マイケルは元・強盗で素行も悪く、現在の生活に嫌気がさしていた彼は、セラピストに通う日々だった。ある日、妻・アマンダが自宅でテニスコーチであるKyle Chavisと不倫している現場に遭遇。テニスコーチを追い回し、彼が逃げ込んだ邸宅を破壊してしまう。

ところが、そこは黒い噂の絶えない企業家・Martin Madrazo(マーティン マドラッゾ)所有の邸宅であり、250万ドルもの損害賠償を請求されてしまう。マイケルはやむなく強盗稼業を再開させなくてはならなかった。

計画立案を手がけるLester Crest(レスター クレスト)や、実行を手伝うフランクリンとともに、宝石店を襲ったマイケルは、成功を収める。その際、警備員に「このことは忘れろ。人は毎日、数多くのことを忘れるんだ」という口癖を使ってしまっい、このことがテレビで報道されたため、Trevor Philips(トレバー フィリップス)にマイケルが存命であることが発覚してしまう。

シセルの死から、物語は始まる。その事件現場はゴミ捨て場であり、シセルは何者かに射殺された。何も出来ないシセルの魂の前に現れた「クネリ」と名乗る電気スタンドにより、シセルが特別な存在であることと、「死者のチカラ」の使い方を教わり、見知らぬ女性（リンネ）の暗殺を阻止することに成功する。

シセルは「自分が何者なのか、そしてどうして殺害されなければならなかったのか」と自問自答するが、記憶を失ってしまっていた。そして、その記憶をとり戻そうと決意する。

その後、リンネと同居している少女カノンにも暗殺の魔の手が迫るが、それを再びシセルは回避させる。その家には、リンネとカノンが飼っているポメラニアン・ミサイルもおり、死んで魂となり、カノン暗殺阻止に一役買う。

一方、シセルの死亡事件を担当するのはカバネラ刑事だった。署内で一番優秀な刑事であり、特別捜査班の班長が捜査を開始する。その彼は、事件現場にあった監視カメラで、リンネがシセルを射殺する姿を見て、彼女を第一容疑者としてゴミ捨て場・管理室に拘束する。

再び暗殺のターゲットとなるリンネを助け、彼女はゴミ捨て場からなんとか逃げおおせた。シセルは、彼女がどうして自分を殺害しようとしたのか、自分は何故殺害されなければならなかったのか、その理由をさらに探ろうとする。