関東一円に勢力を張る巨大暴力団組織・山王会組長の関内(北村総一朗)のもとに、一門の幹部が集結していた。その席上、関内は若頭の加藤(三浦友和)に、直参である池元組の組長・池元(國村隼)と直系ではない村瀬(石橋蓮司)との蜜月関係について苦言を呈す。

加藤(三浦友和)から村瀬組を締め付けるよう命令された池元(國村隼)は、その配下の大友組組長・大友(ビートたけし)に厄介な仕事を任せる。その仕事とは、村瀬組の経営するボッタクリ・バーにわざと組員を引っかからせ、店員である飯塚(塚本高史)を事務所におびき寄せ、100万円を渡すというものだった。

村瀬は飯塚に指を詰めさせ、木村(村瀬組若頭：中野英雄)に金を返した上で謝罪をさせる。だが、水野(椎名桔平)は木村に指を詰めるよう要求し、さらに大友(ビートたけし)は木村の顔をカッターで傷つけ、追い返してしまう。これに逆上した木村は、大友組の組員を攫い、暴行した上で事務所前に放置する。

強大なペルシャ帝国のシャラマン王第3王子であるダスタン(ジェイク・ギレンホール)は、貧民街の出身。ある日、友人を助けようと勇敢にも行動する姿をシャラマン王に見いだされ、養子とされる。

その勇猛果敢な性格がある一方で、自由奔放すぎるのが欠点だった。だが、ダスタンの勇気、英知、そして類いまれな身体能力は、王子の名にふさわしい彼の非凡さを証明していた。

ダスタンの運命を変えたのは、ペルシャ軍による聖地アラムトへの攻撃だった。「敵国へ武器を提供している」という未確認情報を元に、シャラマン王の腹心の弟ニザム(ベン・キングズレー)と3人の王子はアラムトを制圧した。

だが、王は聖地に対する弟と息子たちの暴挙に激怒し、武器供与の証拠を示すよう息子たちに迫る。その夜、シャラマン王は酒宴の席で毒殺され、その疑いは無実のダスタンにかけられる。ダスタンはアラムトの王女タミーナ(ジェマ・アータートン)の助けにより追っ手を逃れ、王暗殺の汚名をそそぐため、真犯人を追求しようとする。

だが、タミナの目的は、ダスタンが戦利品としてアラムトで手に入れた、不思議な短剣にあった。その不思議な短剣(ダガー)は、時間の砂が入れられていた。時間の砂を使えば、時を戻し、過去を変え、世界をも支配しうる強大な力を手にすることができる。