国選弁護人の佐原（田村正和）は、殺人および放火の罪で起訴された岡本泰之（和田正人）という男を弁護することになった。事件の被害者は、家電メーカー勤務の古川達郎（林泰文）。

警察は、古川が勤める家電メーカーのデジタルカメラを購入した岡本が、その故障に腹を立て、古川を殺害した上、自宅を放火したと推察。現に古川のパソコンには岡本から大量の脅迫メールが送られており、岡本の所持品からは古川宅周辺の地図が発見されていた。しかし岡本は、罪状は検事が勝手に作り上げたものだとして否認。佐原も無罪を主張し、鶴岡（近藤芳正）や富田（松尾敏伸）を驚かせる。佐原はえん罪を確信しているわけではなかったが、状況証拠しかないことに疑問を抱いていたのだ。
　
第一回公判の翌日、テレビで佐原が岡本を弁護していることを知ったという女性・吉崎文香（原沙知絵）が、佐原の事務所を訪ねてくる。文香は事件が起きた同時刻に、現場から車で20分の距離があるスーパーで岡本に会ったと証言。岡本は文香が勤めているコンビニの常連客だった。証人の出現に一同が胸をなでおろす中、激昂した女性の声で「岡本があの人を殺したに決まってるじゃない！」という抗議の電話がかかってくる。

その夜、佐原は文香が事件の夜、岡本と会ったというスーパーへと足を運ぶ。すると、年配の女性が佐原に話しかけてきた。偶然にも彼女は文香の母・登紀子（大空真弓）だった。以前は長野の養蜂所に勤めていたという文香は、認知症を患う母を介護しながら、施設に預けられるときだけコンビニで働いているのだという。佐原は再会した文香に、証人としての出廷を改めて依頼。文香も快諾する。
　
警察は突如現れた証人に狼狽していた。一方、いまだ釈然としないものを感じていた佐原は、あらためて調査資料を精査。すると、文香がスーパーで岡本を見かけたと証言した時刻と、単身赴任だった古川が毎週土曜日に仙台へ帰るために乗っていた新幹線の時刻が同じだったことが分かる。
　
週休二日の古川が、なぜ金曜日の夜ではなく土曜日の夜に仙台へ帰っていたのか…。部下の仲田（石井正則）によると、古川は毎週同時刻の新幹線に乗っていたが、事件当夜だけは約一時間遅い新幹線のチケットを手配するよう頼まれたという。「なぜ、古川はその日、違う新幹線に乗るつもりだったのか？」と、佐原が頭を悩ませながら純子の店に戻ると、店内にいた女性客がいきなり佐原に殴りかかる。

その女性客は、古川の妻・よう子（遊井亮子）だった。よう子はカウンターのアイスピックをつかむと、「なんで岡本が無罪なのよ！」と叫びながら佐原に襲いかかり、佐原の腹部を刺してしまう。
　
傷害罪で逮捕されたよう子だったが、容疑はそれだけにとどまらなかった。彼女は探偵社に夫の浮気調査を依頼しており、闇サイトにアクセスした形跡もあったのだ。警察が、よう子が殺人の首謀者ではないかと推測し始める中、佐原は古川が勤めていた日本橋のオフィスビルの向かいのビルの屋上に養蜂施設があることを知る。そして、古川がよく屋上で紙飛行機を飛ばしていたことも判明した。

瀬川里央（松下奈緒）は、小学4年生の立花江美里（笠菜月）が学校のプールに落ちて亡くなった事件の捜査をすることになる。現場では友達3人が江美里をプールに落とすパーカーを着た男を目撃しており、その男は警備員の韮崎和夫（でんでん）も襲って逃げていった。

生徒の気持ちを配慮した学校側の要請で捜査に当たることになって張り切る里央だが、南雲準（藤木直人）は子供が苦手とあまり乗り気ではない。2人は江美里を助けにかけつけた教師の秋元恭子（霧島れいか）や友達3人の元を訪ねて事件の状況を聞く。さらに南雲は犯人の逃走経路にも違和感を覚える。一方、捜査課の捜査で小学校付近に2カ月前から不審な男の目撃情報があったことや、韮崎が元警察官であることが判明した。

子供たちの証言を基に作られた犯人の似顔絵が配られ、捜査も進展しているように思えたが、南雲は逃走経路に抱いた謎を払拭できずにいた。里央はなぜその場にいた4人の中で一番体の大きい江美里が狙われたのかが気になっていた。 そんな中、小板橋正次（勝村政信）の元に似顔絵の男がみつかったとの連絡が入った。

男は過去にも小学生女子へのストーカー行為を行った経歴があり、韮崎からも証言がとれ男が犯人と思われたが、南雲と杉浦幸造（泉谷しげる）は犯人ではないという。直後、男にはアリバイがあったことがわかり、捜査は振り出しに戻った。

里央は学校の裏サイトで江美里がひどく中傷されているのを発見。南雲の分析で、特にひどい書き込みをしているのが一緒に遊んでたとされる3人だと判断する。さらに寺西景（横山裕）から事情聴取した時の韮崎が差し出されたタバコをつかみそびれたことを聞いた里央は南雲と再び学校へ向かった。韮崎は視力に問題を抱え、それを隠すために男を見たと偽証したことを告白した。

また、3人の女の子にも再び事情を聞くと、やがて江美里をプールに突き落としたことを認めた。恭子にひいきされていたように見えた江美里を懲らしめるためで、死ぬとは思わなかったと泣き出す3人。 その帰り道、里央はスイミングスクール帰りの子供たちのカバンに、江美里の写真でＴシャツの胸元に同じマークがあったことを思い出す。ある疑問が浮かびあがった里央は、翌日、恭子を訪ねた。