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桜井武史(堺雅人)は、まったく売れる見込みのない貧乏役者。部屋で自殺を考えたが失敗し、銭湯に行くことになる。そこで、羽振りのよさそうな男が転倒し頭を強打し気絶するのを目撃。そのどさくさに紛れて、鍵を自分のものと取り換え、彼になりすます事にする。だが、その男は"伝説の殺し屋"コンドウだった。

山崎信一郎(香川照之)は、"伝説の殺し屋"コンドウだった。山崎は、とある会社社長を暗殺することを依頼されていた。その社長は、ヤクザである工藤純一(荒川良々)と仕事をともにしていたが、工藤の金を横領していたことと、工藤の愛人を寝盗ったことで命を狙われていたのだった。いつものように仕事をこなしたが、その返り血が腕についていたことと、渋滞で車が動かないことから、近くの銭湯へ行くこととなった。

水嶋香苗(広末涼子)は、雑誌『VIP』の編集長だった。彼女は、とある理由から周囲に結婚を宣言した。だが、恋人もいないような状況であり、彼女は婚活を開始するのだった。そんな彼女が父親の見舞いで病院を訪れたとき、記憶喪失で途方に暮れている山崎に出会う。道を訊かれた水嶋香苗は山崎を区役所まで送り届ける。その後も、彼の記憶を辿る手がかりを探す手伝いを始める。

警視庁湾岸署管轄内で開催されている国際環境エネルギーサミットの会場で誘拐事件が起こり、さらに数時間後には被害者が射殺体で発見されるという事件が発生した。

6年前の少女誘拐殺人事件で警察が押収した拳銃が使用されたと見られ、全ての捜査情報を文面にて管理官・鳥飼（小栗旬）へ報告すること、所轄の捜査員には情報開示されないことが捜査会議にて発表される。

異例と言える捜査方針が敷かれる中、第2の殺人事件が発生する。これらの事件における、警察の失態を隠蔽するため、警察庁長官らはスケープゴート(生け贄、ニセの犯人)を用意することで終結させようとする。ところが、その被疑者にはアリバイがあった。

こうした工作により事件は終わりを迎えるかのように思えたが、警察内部に事件に関与している人物がいることが判明する。久世(香取慎吾)および交渉課課長・警視である小池茂(小泉孝太郎)だった。小池は、「6年前の事件で、官僚たちが作ったルールにより、少女は殺されてしまった。さらに、裁判で彼らは無罪になってしまった。彼らを殺害することは正義だ」と自供した。

これらの人物が事件に関与していること、さらには彼らの企てはまだ終わっていないことにより、隠蔽は不十分であった。そこで、鳥飼は、青島(織田裕二)および室井(柳葉敏郎)の辞職により先の逮捕が誤認逮捕であった責任をとらせることを提案する。そのことを警察庁長官らは承認し、青島への辞職勧告、室井に捜査本部長を任せ、事件終結後に辞任させることとした。