起：やってきた弟はネズミ・スチュワートだった

ニューヨーク・セントラルパーク近くのリトル一家は、パパ（ヒュー・ローリー）とママ（ジーナ・デイヴィス）、息子のジョージ（ジョナサン・リプニッキ）の3人家族。「弟が欲しい！」というジョージの希望もあり、パパとママは養子縁組みをすることに。

ジョージはかねてより一緒に遊べるような弟を欲しがっており、そのため、リトル夫妻は児童養護施設に訪れる。 夫妻の傍らで「家族になるべき子なら、見つけた瞬間に心が感じるはず」と、子供達と同じ制服を着た小さな白いねずみからアドバイスを受ける。そのねずみ＝スチュアートに運命を感じた夫妻は、彼を引き取りジョージの弟とすることに決める。

承：ジョージ、弟としてスチュワートを認める

スチュアートは賢く、優しい心の持ち主。だが、ジョージは新たな弟がネズミと知ってがっかりし、飼い猫・スノーベルもひがんで彼をいじめる。だが、スチュアートはめげず、リモコンのヨットレースに参加するジョージに協力して、いじめっ子のヨットをみごと追い抜いて優勝し、ジョージと心通わせる。

起：戦争直前の妹尾家

昭和初期の神戸。名前のイニシャルから「H（エッチ）」と呼ばれる少年・肇は、好奇心と正義感が強く、厳しい軍事統制下で誰もが口をつぐむ中でも、おかしなことには疑問を呈していく。Hはリベラルな父(水谷豊)と博愛精神に溢れる母(伊藤蘭)に見守られ成長していく。

承：父親にスパイ容疑の嫌疑がかかる

戦争が始まり、外国人を顧客に多く抱えていた父親盛夫にスパイの嫌疑がかかる。戦争で外国人たちが帰国したこともあり、父親は志願をして消防士になる。

息子の肇も学校でスパイの息子といじめに遭う。また、好きな絵を描いていつも画集を持って歩く肇は、裸婦の西洋画を模写したことで「敵国の絵を真似るとはけしからん」と、教師に体罰を受ける。