簡単なあらすじ

1) ニューヨーク市警(NYPD)の刑事であるジェームズ・エドワーズ(ウィル・スミス)は、逃走中の犯人を追跡。その犯人は、エイリアンだった。同じくそのエイリアンを追っていたMIBのK(トミー・リー・ジョーンズ)は、ジェームズをMIBにスカウトする。
2) ジェームズは、Jとして、MIBのエージェントになる。JとKは、「銀河系」なる小さなエネルギー体を奪いにやってきたエイリアン・バグを追跡する。
3) 銀河系を奪われた異星人に、あわや地球を消滅させられそうになるが、JとKはバグを倒し、銀河系を奪い返す。JはMIBエージェントとして活躍を続け、KはMIBでの記憶を消し、一般人に戻るのだった。

起：ジェームスとKの出会い

ニューヨーク市警(NYPD)の刑事であるジェームズ・エドワーズ(ウィル・スミス)は、逃走中の犯人を追跡中、男が二枚のまぶたで瞬きをするのを目撃した。やがて彼の前に、黒いサングラスに黒いスーツ姿の男・K(トミー・リー・ジョーンズ)が現れ、地球上のエイリアンを監視する機密機関の者だと名乗った。

彼を伴って、Kは質屋に向かい、いきなり主人のジープス(トニー・シャロウブ)の頭を銃でぶっ飛ばすが、その体は瞬く間に再生してしまう。驚くジェームズに、Kはペン型ライトを見せ、ライトが光った瞬間、ジェームズの今夜の記憶は消えていた。

承：MIBへ

翌朝、ジェームズはKの残していった名刺に書かれた住所を訪れる。そこはMIB(メン・イン・ブラック)の施設であり、政府の最高機密機関だった。

Kとその上司Z(リップ・トーン)の説明によると、その任務はエイリアン受け入れのための移民局を運営し、地球上での彼らの行動を監視し、その存在を世間から隠すことだった。
地球には現在、1,500ものエイリアンがいるという。実際、局内にはエイリアンが働いていた。ジェームズは刑事を辞め、MIBに入ることを決意する。彼の存在を証明するデータは全て抹消され、Kは、MIBの新人エージェントとして働くこととなった。

その頃、ニューヨーク郊外に円盤が墜落、バグという宇宙で最も凶悪なエイリアンが地球に無断侵入していた。バグは農夫エドガー(ヴィンセント・ドノフリオ)を襲い、その皮膚を着てニューヨークに向かった。

簡単なあらすじ

1) 日本初となる国際Aiセンターの発足に向けて準備が進む中、東城医大に8人の遺体と1名の生存者が運び込まれる。彼らは、重水を飲まされていた。また、東城医大に「三の月 東城医大病院とケルベロスの塔を破壊する」という脅迫状も届けられた。
2) この事件の背景には、薬害訴訟が関わっていた。薬害により家族を亡くした医療ジャーナリストの別宮葉子(桐谷美玲)が、復讐のため、製薬会社の役員らや薬を審議した大学教授らを殺害しようとしていたのだった。
3) 国際Aiセンターが稼働する日、大規模な東城医大へのハッキングが行われる。騒然とする中、別宮が犯人として現れる。彼女の書いた薬害にまつわる記事は、大きな注目を浴びることとなった。

起：国際Aiセンターと8人の遺体

日本初となる国際Aiセンター(注釈：Aiとはオートプシー・イメージングの略であり、死亡時画像診断の意味である)発足の目玉として、MRIの「リヴァイアサン」の導入が決定された。顕微鏡レベルの解像度を誇り、まさに現代医療の怪物としてふさわしい巨大な機器は、世間から大きな注目を集めていた。

国と自治体、東城医大が三位一体で取り組む死因究明システムの一大改革に、東城医大の心療内科医・田口公平(伊藤淳史)と厚生労働省でAi導入を推進する白鳥圭輔(仲村トオル)が奔走していた。

国際Aiセンター稼動日に開かれる大講堂でのシンポジウムは、10日後に迫っていた。そんな中、東城医大に9体の変死体が搬入されてきた。唯一の生存者は、瀕死の状態であった。

承：死因解明

司法解剖が行われるが、原因不明だった。現場は別荘の地下室であった。その別荘の所有者は、白鳥の上司である船橋だった。亡くなったのは製薬会社の役員ら4人、中央薬事審議会に所属していたこともある大学教授ら4名も亡くなっていた。唯一の生存者は、内科開業医の医師だった。

速水(西島秀俊)が中心となり、生存者の救命措置が行われる。滝沢医師(松坂桃李)は、内科開業医の特異な症状に気づく。彼は、相貌失認だった。相貌失認とは、顔をパーツでは見ることができるが、顔を顔として認識することができない疾患である。

国際Aiセンター長である東堂文昭 教授 (生瀬勝久)は、リヴァイアサンで遺体の死因を探る。結果、重水(質量数の大きい同位体の水分子を多く含み、通常の水より比重の大きいもの)が死因であることを突き止める。