簡単なあらすじ

1) トニー・スターク(ロバート・ダウニー・Jr)を恨むイワン(ミッキー・ローク)は、自ら開発したアーク・リアクターを用い、エレクトリカル・デス・ウィップという武器を作り上げる。
2) イワンは、トニーを襲うが、返り討ちにあって逮捕されてしまう。だが、スタークの会社のライバル会社のハマー・インダストリーズ社長が、イワンを脱獄させ、雇い入れる。
3) ハマーの手を借り、さらに強力な武器を手に入れたイワンは、再びトニーを襲う。トニーは、ジェームズ・ローズ空軍中佐(ドン・チードル)とともに協力してイワンを倒す。

起：世間の逆風

トニー・スターク(ロバート・ダウニー・Jr)が「自分がアイアンマンである」と公表してから半年後、さらに改良を加えたアーマー"マーク4"を纏って、マークは世界各地で起こる紛争を鎮圧し続けていた。

だが、マークは政府から、その一方的な介入を疑問視され、アイアンマン・アーマーを兵器として見なされたことで、アーマーの引き渡しを求められてしまう。かつてアフガニスタンで自ら深手を負い、その傷を代償にして開発したアーマーを、誰の手にも渡したくないトニーは、断固として要求を拒否するが、トニーの体はアーマーの動力源にして生命維持装置でもあるアーク・リアクターの動力源であるパラジウムが放出する毒素に蝕まれつつあった。

自分の余命が短いことを悟ったトニーは、スターク・インダストリーズ社長の座を秘書のペッパー・ポッツに譲り、新たな秘書としてナタリー・ラッシュマンを迎え入れる。そして、後世にテクノロジーを伝える博覧会「スターク・エキスポ」を盛大に開催した。

承：世間の逆風

かつて、トニーの父であるハワード(ジョン・スラッテリー)と、アーク・リアクターの共同研究をしていた科学者であるアントン・ヴァンコが亡くなった。彼は、アメリカ在住時、スパイ容疑で逮捕・追放され、それ以降ずっと貧困生活を余儀なくされていた。そんなアントンの息子・イワン(ミッキー・ローク)は、スターク家を逆恨みし、自らの手で小型のアーク・リアクターを作り上げ、それを動力源として動く武器であるエレクトリカル・デス・ウィップを開発した。

イワンは、モナコでカーレース参加中のトニーを襲うが、トニーは、携帯型アーマー"マーク5"で、応戦する。イワンは逮捕されるが、そのことがニュースとなると、アイアンマンと同等のテクノロジーが他に存在することから、その危険性が指摘され、「政府にアーマーを引き渡すべきではないか」といった世論の声が高まる。

トニーはそんな世間に嫌気が差し、アーマーを持ちだし誕生日パーティーをマリブの自宅で開き女性と遊び深酒をした。パーティーに招待されたトニーの友人であるジェームズ・ローズ空軍中佐(ドン・チードル)は、彼を止めようと、トニーの自宅にあった"マーク2"を無断で装着し、殴り合いのケンカを行う。そして、そのままマーク2を没収して空軍に持ち帰ってしまった。

簡単なあらすじ

1) テロリストであるカート・ヘンドリクス(ミカエル・ニクヴィスト)は、人口抑制や新たな人類の進化のため、ロシアの原子力潜水艦から核ミサイルを発射しようと企てていた。
2) ロシアの刑務所に拘束されていたイーサン・ハント(トム・クルーズ)は、IMFの手助けにより脱獄。カートのテロを阻止するべく作戦を開始する。だが、その中でイーサンたちは、ロシアでの爆破事件の犯人と断定されてしまう。
3) アメリカ合衆国大統領は、関与を否定するために「ゴースト・プロトコル」を発動。IMFは事実上解体され、イーサンは後ろ盾をなくして逃亡者の身となってしまう。
4) カートはミサイルを発射するのだが、イーサンがカートを倒し、サンフランシスコに直撃する直前に阻止できた。

起：イーサン・ハントの脱獄

秘密組織IMFのエージェントであるトレヴァー・ハナウェイ(ジョシュ・ホロウェイ)は、ハンガリーのブダペストで、"コバルト"というコードネームの人物に渡されるはずの秘密ファイルを奪う作戦に参加していた。

簡単な任務のはずだったが、ファイルを狙う別の組織が現れて銃撃戦となる。やがて、トレヴァーは、女殺し屋のサビーヌ・モロー(レア・セドゥ)によって殺害され、ファイルも奪われてしまう。

トレヴァーのチームリーダーであるジェーン・カーター(ポーラ・パットン)と、新たに現場エージェントに昇格したベンジー・ダン(サイモン・ペグ)が、イーサン・ハント(トム・クルーズ)と、イーサンと親しい情報屋であるボグダン(ミラジ・グルビッチ)をモスクワの刑務所から脱獄させる。

承：コバルト追跡

イーサンは、IMFの指令によって"コバルト"の正体を探るため、ジェーンとベンジーとともに、軍人に変装してクレムリンに侵入する。だが、IMFの連絡無線の周波数を知っている別組織に先手を打たれ、爆破テロに巻き込まれてしまう。

病院で目覚めたイーサンは、ロシア諜報員のアナトリー・シディロフに、爆破テロの首謀者であると決め付けられる。イーサンは、その場から逃亡し、IMFに救助を求める。イーサンは、IMF長官に会い、「ロシア政府は、爆破テロをアメリカ合衆国によるものであると信じ込んでいる」と知らされる。

さらに、アメリカ合衆国大統領は、関与を否定するために「ゴースト・プロトコル」を発動させていた。「ゴースト・プロトコル」とは、アメリカ政府が非合法の秘密作戦に対して一切の関与を否定するというものである。よって、アメリカ政府の後ろ盾をなくしたイーサンたちは、テロリストとして追われる立場となってしまった。

IMF長官は、"コバルト"追跡のため、イーサンの逃亡に手を貸すが、ロシア諜報員・アナトリー率いる部隊に銃撃され、長官は死亡する。イーサンは、長官に同行していた分析官のウィリアム・ブラント(ジェレミー・レナー)と脱出し、ジェーン、ベンジーとともに作戦を続行する。