ニューヨーク・セントラルパーク。次々と人々が路上に倒れていくという不可解な現象が起こり出す。しかも、その現象は次第に広がっていく。

高校の生物学教諭であるエリオット・ムーア(マーク・ウォールバーグ)は、「アメリカ全土からミツバチの姿が消えた。なぜか？」と授業で生徒に問いかける。1人の生徒は、「自然界のことは、完全にはわからない」と回答する。エリオットは、「そう、自然界のことは完全には解らない。研究をする上で、大変いい姿勢だ」と評価する。

そんな授業中、異常事態が忍び寄り、授業は中止となる。生徒たちと帰宅し、避難することになった。妻とともに、電車で郊外部へ避難を始めるが、異常事態が彼らを襲う。電車の目的地などと連絡がつかなくなったため、電車は途中で運休となる。ニュースで無事な地域を確認し、ヒッチハイクにてさらに避難を続ける。

親友の同僚教師と別方面を目指すことになるが、同僚教師は、たどり着いた街で、異常現象に捕まってしまい、命を絶つ。エリオットらも、進行方向からやって来る連中に話を聞くと、逃げ場はないと気づき、待機することになる。
そこで、地元の不動産屋が、地図にも載っていない街の存在を示唆し、そこを目指すことにするが、エリオットは「この現象は、都市部から郊外へと広がっている。人口が多いのは地域は危険だ。さらに、移動するときは少人数のグループが望ましい」と考える。また、この現象の原因については「植物が毒素でも出しているのか？」と推理を始める。「それならば、植物に注意する必要がある」と考える。

ついに、エリオット夫妻と、同僚から預かった子供、男性2人だけになる。エリオットたちは、ある一軒家にたどり着き、そこで一夜を明かすが、そこにただ一人住んでいた老女も、翌朝、異常現象に捕まり、死亡する。

これを見て、急遽そこに立てこもることになる主人公達であったが、その時、母屋と離れに別々にいたために、離れ離れになってしまう。伝声管を通じて妻と話をしていたエリオットは、「どうせ死ぬなら君と一緒に死にたい」と、建物のドアを開け、外に出る。それを見て、妻、子供も、外に出る。

だが、彼らに異変はなかった。ストーリー上の「生物の異常現象は、突発的に始まって、ピークを迎えたら急に終わる」の言葉通り、異常現象は収束していた。

同僚の子供は、主人公夫妻に引き取られ、彼らは新しく生活を始める。妻は妊娠して新たな命を授かっていた。ところが、パリでは、またしても同じ現象が始まっていた…。


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