テキサス州に匹敵する大きさを持つ巨大なアステロイド(小惑星)が地球に接近、ニューヨークが無数の隕石群に包まれた。計算の結果、18日後には地球に衝突することが発覚した。

人類滅亡を回避すべく、NASA 総指揮官トルーマン(ビリー・ボブ・ソーントン)は、小惑星の表面に穴を開け、地中で核爆弾を爆発させれば軌道を変えることができるという案を聞き、石油採掘のプロ、ハリー(ブルース・ウィリス)に惑星上での掘削を依頼する。ハリーは長年共に仕事をしてきたチック(ウィル・パットン)、ロックハウンド(スティーヴ・ブシェーミ)、ハリーの娘のグレース(リヴ・タイラー)の恋人のA.J.(ベン・アフレック)らを呼びよせる。A.J.は、上司であるハリーの娘・グレースと付き合っていることが発覚し、ハリーと気まずくなっていた。

彼らは厳しい訓練のあと、二機のシャトルに乗り込み惑星に向かう。訓練中、A.J.は独善的な行動でチームの和を乱してしまったり、ハリーに反発をしながらも、厳しい訓練に耐えきる。彼らは1人の脱落者も出さず、小惑星爆破に向かう。
二機のシャトルは、無事に小惑星に近づくことができた。だが、その途中で小惑星周囲の隕石群にぶつかり、A.J.の乗った「インディペンデンス号」は着陸に失敗する。ハリーたちは単独で掘削作業に取り掛かるが、作業は困難の極みだった。だが、死んだと思っていたA.J.たちが掘削機に乗って駆けつけ、ハリーと共に掘削を成功させる。

喜びもつかの間、誰かが核を手動で爆発させなければならないことがわかる。クジで当たったA.J.が残ることに決まったが、ハリーはA.J.を無理矢理シャトルに乗せ、「お前は自慢の娘婿だ」と言い残して掘削現場に戻り、核のボタンを押す。自らを犠牲にしたハリーの行為により、惑星は軌道を反れ、地球は救われるのだった。

A.J.とグレースは結婚式を挙げる。父親であるハリーら、地球の未来のために犠牲となった乗組員たちの遺影の前で。


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