28年前、正体不明の巨大宇宙船が突如、南アフリカ共和国に飛来した。しかし、そのUFOは首都ヨハネスブルグ上空に浮かんだまま、まるで動こうとしない。痺れを切らした南アフリカ政府はヘリコプターで偵察隊を派遣。

船体をこじ開け、ようやく中に踏み入った先に、彼らを待ち受けていたのは、不衛生で弱り果てたエイリアンの群れだった。彼らは故障した宇宙船に乗った難民だったのだ。

処遇が決まるまで、エイリアンはヨハネスブルグにある第9地区の仮設住宅に住まわされることになる。だが、言葉も通じず、野蛮で不潔なエイリアンたちが一般市民と折り合いがつくはずもなく、彼らは下級市民として蔑まれる。何の進展もないまま月日が流れ、エイリアンの管理事業は民間企業マルチ・ナショナル・ユナイテッド社(MNU)に委託されることになった。彼らの狙いは、先進的なエイリアンたちの武器だった。

軍事企業でもあるMNUの傭兵部隊によって力による平和が訪れるかと思われたが、MNUが彼らの世界に介入することはなく、第9地区はスラムと化していく。市民とエイリアンの対立が激化したことを受けて、MNUは第9地区から郊外にある第10地区へ彼らの強制移住を決定した。第10地区は第9地区よりもさらに劣悪な環境だったが、MNUは彼らの福利厚生に興味はなかった。

立ち退き作業を始めるにあたり、MNUはヴィカス・ヴァン・ダー・マーウィ(シャルト・コプリー)を現場責任者に指名する。事情を把握していないエイリアンたちから、承認のサインを無理矢理取りつけるのが彼の任務だった。しかし、第9地区内の小屋を調査している際に、ヴィカスは円筒状の物体から吹き出す液体を浴び、謎のウィルスに感染してしまった。
次第にヴィカスは左腕からエイリアン化してしまう。報告を受けたMNU上層部はヴィカス捕捉の指示を出す。捕まったヴィカスは、人体実験を繰り返され、挙げ句の果てには臓器を取り出されてしまいそうになる。ヴィカスは辛くも実験室から逃げ出すことに成功する。彼には包囲網が敷かれ、すでに人の居住区で生活することはできなかった。

しかたなく、第9地区に逃げ込むと、そこにクリストファー・ジョンソン(ジェイソン・コープ)と名乗るエイリアンが現れる。そして、ヴィカスはボロボロの小屋の地下で見たこともない科学技術を集結させた設備を目撃する。そこには、巨大な宇宙船の母胎があった。20年間、クリストファーはその母胎を動かすための液体を集め続け、それをヴィカスらに奪われてしまった、と話す。あの円筒状の物体こそが、母胎を動かすために必要だったのだ。

追われる立場になった彼は、クリストファーに「宇宙船に帰ればエイリアン化を止め、治すことができるかもしれない」と言われ、円筒状の物体を取り返すためにMNUに侵入する。エイリアンの武器を扱えるようになったヴィカスは、クリストファーとともに、円筒状の物体を奪還することに成功する。

一方、クリストファーはMNUで仲間が生体実験されていたことにショックを受けてしまう。彼は、仲間を救うために宇宙船で祖国に帰ろうと考える。「3年は掛かる。必ず帰ってくるから待ってて欲しい」とクリストファーに言われ、ヴィカスは3年も待てない、と激昂して母胎を奪う。宇宙船に帰ろうとするが、途中でMNUに打ち落とされてしまう。

MNUとの攻防の中、ヴィカスはクリストファーを母胎に乗せ、宇宙船に返す。クリストファーは「3年待ってくれ。必ず帰ってくるから」と再び話す。ヴィカスは、その言葉を信じて待ち続ける。妻に自ら作った造花を密かに贈りながら。


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