テリー（ジュリアン・ムーア）は14 ヶ月前、息子を失った。サマーキャンプに向かう飛行機が墜落し、テリーの息子サムは他の 5 人の子供達と一緒に亡くなった。セラピストのマンス医師（ゲイリー・シニーズ）のもとに通うテリーは、今でもサムの洋服箪笥を開けてグローブを見たり、ホームビデオや写真にうつるサムを見ていた。

そんな中、奇妙な記憶障害に見舞われることになる。テリーが車を駐車したと思ったところに車がないことがあったり、コーヒーを飲んだことを覚えているが、そのカップがなかったりした。しかし、サムのことは忘れることはできない。テリーはいつもサムのことばかり考えていた。

深い悲しみの結果、夫・ジム（アンソニー・エドワーズ）とは心が離れて行く。そんな中、サムの写真が夫婦だけの写真に変えられたり、グローブが無くなる。さらに、ビデオが削除されてしまっていた。

抗議するテリーだったが、その時、ジムはテリーに衝撃の事実を伝える。サムは一度もこの世に存在したことがないと。テリーは流産してからずっと精神を病んでしまっている、と伝える。これまでずっとジムとマンス医師はテリーを徐々に現実に引き戻そうとしていたのだという。

サムが生きていた証拠は全て消えてしまった。サムの野球用のグローブはもはや箪笥の中にはなく、スクラップブックはどのページも何も貼られていない。誰もサムのことを覚えていない。アッシュ（ドミニク・ウェスト）でさえもそうだ。彼は、今やアル中になってしまっていたが、元ホッケー選手。アッシュは、同じように飛行機事故に遭って亡くなったサムの友達ローレンの父親だった。しかし、彼は一度もテリーに会ったことがないし、子供も持ったことがないと言い張った。
6 人の子供達が乗っていた飛行機の事故についての新聞記事も、いつのまにか無くなっていた。それでも、テリーはサムとの記憶を信じている。アッシュに彼の娘ローレンのことを思い出させたテリーは、自分が正気であることを確信する。

テリーとアッシュは、子供達の存在を証明し、自らの健全な精神を取り戻すため、共に調査に乗り出す。ｓこに、地方の警官アン・ポープ（アルフレ・ウッダード）や国家安全保障局の捜査官達が事件に関わるようになり、政府の陰謀に対する疑問が持ち上がる。国家安全保障局から逃げ回る最中、国家安全保障局の一人を捕らえたテリーとアッシュは、彼を尋問する。

「なぜ、私たちの子供を拉致したの？子供たちを返して！」と訴えるテリーに、捕らえた男は「実験を行っているところだ。"彼ら"は止められない。実験も永遠に続いていくだろう」と告げる。「どんな実験だっていうの？」と詰問する彼女に、彼は「"彼ら"はいつも聞いている」とささやく。その途端、屋根は飛び、彼の姿はそこになかった。

さらに真相究明を行うテリーとアッシュは、子供たちが「クエスト空港」から飛び立ったことを思いだす。「クエスト空港」の社長宅に向かうと、社長はそこから逃げ出しているかのような状況になっていた。

そこでテリーは、「クエスト空港」に二人の前に度々登場してきた男がいたことを思いだす。その彼が警察から逃げ、落ち合う場所にしたテリーのマンションに現れる。掴みかかるアッシュと窓から落ち、二人の姿は消え失せる。

テリーはさらに彼らの姿を追う。そして、例の男のいる場所に向かう。そこで、「親と子の愛情は、まるで生体組織のようだ。"我々"はその存在を研究している。どうして、お前は子供の存在を忘れないんだ！」と、テリーの記憶を忘れさせようとする男。だが、テリーは決してサムの存在を忘れなかった。

「どうして忘れないんだ！それでは…私が"大変な目"に遭う」と告げる。その後、その言葉の通りに男は消されてしまう。

家に戻るテリー。公園にサムを探しに行く。そこには、サムがいた。そして、アッシュもそこにいた。アッシュは「初対面のような気がしない」とテリーに話しかける。

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