シカゴのカトリック教会・大司教ラシュマンが自宅で全身をナイフで刺されて殺された。事件直後、現場から血まみれで逃亡した19歳の青年・アーロン(エドワード・ノートン)が逮捕された。マスコミに注目され、華々しく活躍する元検事の弁護士マーティン(リチャード・ギア)は事件を知るや、自ら彼の弁護を無償で引き受けた。

アーロンは数年前、ホームレスでいたところを大司教に拾われて以来、ミサの手伝いをする侍者として仕えてきた。彼はマーティンに、父親も同然の大司教を殺すはずはないと言う。アーロンは事件当日、何者かが現場にいたようだと言うが、彼の記憶はそこで途絶えていた。第三者が現場にいたか否かも記憶にない。マーティンは裁判に勝つためアーロンに、裁判中はただ無心な顔でただ座っているように、と指示する。

初公判が開かれたが、州検事・ショウネシー(ジョン・マホニー)が指名した担当検事は、マーティンのかつての弟子で恋人でもあったジャネット(ローラ・リニー)だった。彼女はアーロンを第一級殺人罪で告訴する。マーティンは完全黙秘で時間を稼ぎ、その間に精神科医アーリントン(フランセス・マクドーマンド)に、マーロンの失われた記憶の分析を依頼した。

マーティンは、調査の中で、大司教が川岸の宅地開発を中止に追い込んだことで投資家たちから恨まれていたことを知る。この開発には州検事も一枚加わっていたらしい。マーティンは「市の有力者を怒らせるな」と圧力を掛けられるが、それに応じない。だが、それを証言しようとしたやくざ者のピネロ(スティーヴン・バウアー)は間もなく水死体で発見された。

同じ頃、検事のジャネットは「B32-156」が教会の図書につけられた記号であることを突き止めていた。該当するナサニエル・ホーソン著『緋文字』の頁には、「2つの顔を持つ者はどちらが本物かをやがて忘れてしまう」といった一文にマーカーが引かれていた。
ジャネットは次々と物証を突きつけるが、マーティンはその場に第三の人物がいた可能性を主張して立ち向かう。一方、アーリントン女医は度々アーロンと面接し、精神分析を進めていた。ある時、彼の恋人で、事件後に姿をくらましたリンダという少女の名前を出すと、彼は激しく動揺し頭を抱えた。また、マーティンはアーロンの部屋に忍び込んでいた青年アレックスから「悪魔祓い」の模様を収めたビデオテープの存在を聞き出した。そこには、人々から敬愛されていた大司教の、法衣の下に隠された思いも寄らぬ行為が映し出されていた。

性行為を強要され、大司教に憎しみを抱いたアーロンが真犯人だったのではないか、とマーティンは考えた。事件は川岸開発絡みではなかったのか、というマーティンの推測はあえなく覆されたのだった。第三者の存在を立証しようとしていたマーティンはアーロンに完全に裏切られていたと思い、拘置所の彼に詰め寄る。

アーロンが再び激しく動揺した次の瞬間、彼の態度は豹変し、マーティンに暴力を振るって恫喝した。アーリントンは、彼は二重人格で、事件は「ロイ」という別の人格が現れた時に行われたのではないかと言う。争点を精神異常に切り換えることはできないため、マーティンは証拠のテープをジャネットに届け、検察側から提出せざるをえない状況に仕向け、大司教の別の顔が白日の下にさらされた。

最終公判でマーティンは、わざとジャネットに激しくアーロンを追求させ、彼を追い詰めさせる。その時、「ロイ」の人格が現れてジャネットに暴力を振るい、法廷は騒然となった。ショート判事(アルフレ・ウッダード)は裁判の中止を命じ、アーロンは精神異常者として病院に収容されることになった。

拘置所の彼に、そのことを告げる。感謝するアーロンは、帰り際に「検事さんにお大事にしてください、とお伝え下さい」と言う。マーティンは帰りかけたが、その瞬間、"あること"に気づいた。

「アーロンじゃなくて"ロイ"であるとき、記憶は無いんだろ？どうして検事のことを知っている？…"ロイ"は存在しなかったのか？」とマーティンは訊く。

アーロンはあざけ笑い、「おいおい、まだそんなことを言ってるのかよ。初めから存在しなかったのは"アーロン"の方だったのさ。リンダも俺が殺し、大司教も殺した。アンタは良くやってくれた」と告白する。二重人格は彼の巧妙な芝居だった。マーティンは、呆然するしかなかった。

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