午前8時。パーマー大統領の元に緊急事態が告げられる。ロサンゼルスに核爆弾が持ち込まれ、本日中にテロ攻撃が仕掛けられるというのだ。そして妻の死以来、CTUを離れていたジャックの元にパーマーから電話が入る。パーマーに説得されCTUに戻ったジャックは、キムの保護を条件に再び現場に出る決意をする。

CTUでは唯一の手がかりとして、ジャックがかつて潜入捜査した際のターゲットが浮かび上がる。テロ組織とつながっていると思われるウォルドの右腕エディと再会する。テロ組織は、爆弾を積んだバンにジャックも乗り込み、CTUへと向かった。ターゲットはCTUだったのだった。

CTUではトニーの機転も奏功せず、死者が20人を超し被害は甚大だった。そんな中、CTU支部長のメイソン率いる市警が、アジトに踏み込み銃撃戦となる。そこで、メイソンは被爆してしまう。

ジャックはテロ計画犯の一味から、CTU爆破を持ちかけた人物の写真を手渡されて愕然とする。それは、ニーナだった。メイソンは復讐に燃えるジャックを遠ざけようとするが、ジャックはメイソンの被爆に気づき、それを楯に彼女の尋問を要求する。情報と引き換えに恩赦を得たニーナは尋問室でも開き直るが、ジャックの策略にハマり、ついに主犯格ファヒーンの居所を教える。

ジャックは、隠しカメラを付けたニーナを潜入させ、核爆弾のありかを聞き出そうとする。だが、危険を察知したファヒーンは逃亡。突入したジャックは意識のないファヒーンを発見し、拘束する。ニーナは、自分たちの乗った飛行機をミサイルで撃墜されたことを確認したCTUは、完全武装した救助隊を派遣。ジャックとニーナは運よく軽傷だった。だが、2人の前に謎の特殊部隊が現れ、いきなり発砲。ジャックはやむなくニーナの手錠を外し、2人で応戦。ところが救援が現れた途端、ニーナは銃をジャックに突きつけ、大統領と話すことを要求する。核爆弾の情報と引き換えにジャックを殺しても免責にするよう求めるのだった。
ニーナの人質から脱したジャックは、実行犯アリの隠れ家へと急行するが、そこには既にいなかった。シェリーの働きで、ジャックたちを襲ったのは特殊部隊「コーラル・スネーク」で、資金源はなんと国家安全保障局(NSA)とわかる。

長官の裏切りを確信したパーマーは、独自の判断でロジャーを逮捕、詰問する。司令部では拷問に根を上げたロジャーは、「パーマーがもっと防衛政策に力を入れるよう故意に核を国内に持ち込み、爆破を未然に防ぐため特殊部隊に追跡させていた」と話し出す。

ジャックはテロリストと戦いながら、同時に特殊部隊をも相手にしなければならない。ロジャーの情報から現場に急行するジャックだったが、既に核爆弾は無く、特殊部隊も殺害されていた。だが、トニーからの知らせで、核爆弾を積んだ飛行機を発見する。だが、核爆弾は偽物だった。ジャックは何としても核爆弾のありかを聞き出そうと、パイロットを尋問する。

パーマーは「聞くべき相手はシェリー(パーマーの妻)」というロジャーの衝撃発言を聞き、陰謀に加担した彼女を追い出す。

ジャックは、ついに本物の核爆弾を発見。だが、起爆装置が除去できない。被害を最小限に食い止めるためには、誰かがセスナ機で砂漠に運んで、核爆弾もろとも自爆するしか手はない。その旨をパーマーに報告したジャックは、みずからセスナ機の操縦席に乗り込んだ。

CTUではデータの声紋鑑定が行われ、中東3カ国のテロ支援が確定される。だが、それは合成音声であることが判明する。ジャックは直ちにパーマーに報告するが、逆に確たる証拠なしに軍事報復を中止にすることはできない、と言われてしまう。 証拠を探し始めたジャックに、「録音が捏造だと証明できる唯一の人間」という男から電話が入る。彼は、特殊部隊の7人目の隊員ウォレスだった。「雇い主の依頼で、3カ国を陥れる音声を捏造した」と明かし、証拠となるチップを渡される。

ジャックが捏造の証拠を手に入れたと聞いたパーマーは、即座に中東3カ国への攻撃中止を決断する。しかし、水面下では、強硬派のプレスコット副大統領が閣僚たちを集めていた。

ジャックは、キングスレイなる謎の男が雇った手下たちに捕らえられ、壮絶な拷問を受けていた。口を割ろうとしない彼だったが、辛くも脱出した。チップも取り戻すが、破損していた。しかし、ミシェルが音声捏造を行ったハッカーを突き止めるのだった。ジャックがその人物を問い詰めると、パーマーへの復讐心から石油業界の大物キングスレイの計画に加担したことを明かした。

パーマーが大統領の職を解かれたニュースが伝えられ、同時にジャックへの協力も禁じられる。そして、新たに大統領になったプレスコットは、一度取り消された中東3カ国への軍事攻撃を復活させてしまう。

ジャックの捜査にょり、音声捏造にシェリーが関わっていると明らかになる。シェリーを利用し、ジャックはキングスレイに近づく。一方、パーマーは弁護士により解任を撤回させる。トニー、ミッシェルの復職の助けもあり、ジャックはキングスレイを倒し、核爆発の危機から脱する。

全てが上手くいったかと思いきや、パーカーには再び暗殺計画の魔の手が伸びていた…。

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