season4から1年半後。午前7時。ロサンゼルスでは、ローガン大統領がロシアの大統領とテロ撲滅の要因となる防衛条約を結ぶ歴史的な日を迎えようとしていた。そんな時、ジャックの生存を知る者が次々と命を狙われ、重要人物が暗殺されていた。

CTUへ出勤途中のクロエも何者かに襲われ、危険を察知した彼女はジャックに助けを求める。CTUは、犯行現場と思われるビルのセキュリティ映像を入手。そこには、なんと死んだはずのジャックが映っていた。ブキャナンはジャックを第一容疑者として全面捜査にあたる。一方、ロサンゼルスに駆けつけたジャックは、クロエの協力のもと真犯人を突き止めるべく、警官だらけの殺害現場へ単独潜入。暗殺された人物のパソコンから事件を匂わす暗号を見つけだし、オンタリオ空港へと向かう。

ジャックが空港に着いた直後、爆発音が響き渡りテロリストが空港を占拠。テロリストたちは、人質の命と引き換えに防衛条約の調印式を中止することを要求。ジャックはカーティス率いる戦術チームと連絡を取り合い突入の手助けをするが、時間がない。自ら行動を起こそうとした時、ジャックの存在が一味にバレてしまう。

一味のリーダー、ペレシュはジャックを脅し、突入部隊をワナにはめるようCTUへ連絡させる。だが、リンがジャックの会話に隠された暗号に気づく。突入により、空港は占拠から解放される。そこで、人質の1人が消えたことにジャックは気づく。ジャックはその男を追うようカーティスに指示し、CTUに連行される。手がかりから空港の格納庫にたどり着いたカーティスは、ネズミの死骸と空の大型トランクを発見。それが軍用兵器レベルの神経ガスであることが判明する。

ジャックの暗殺者・スペンサーの自白により、大統領補佐官のカミングスがテロに関与していたことが発覚。だが、証拠がない。ジャックは大統領の側近ノビックに密会を取りつけ、カミングス本人に神経ガスの行方を問いつめる強行策に出る。しかし、カミングスに察知され、ジャックとノビックはシークレットサービスに拘束されてしまう。
拘束を逃れたジャックはローガンの眼前でカミングスを尋問。しかし、神経ガスは既に港から消えていた。カミングスの仲間だという元CIAのネイサンソンも姿をくらまし、ガスを追う手がかりが絶たれてしまう。ネイサンソンの裏切りを知り、ガスを運び去った人質の男アーウィックは、アメリカへの報復を決意する。

ジャックは20本の神経ガスを取り戻すため、アーウィックの協力者に接触。自分がその男になりすまし、一味に潜入するという危険な賭けに出る。ところが、ジャックを乗せた一味のバンはアジトへは向かわず、家族連れでにぎわうショッピングモールにばらまくことに。それを阻止したジャックだったが、ガスに行き着く手がかりもまた失ってしまう。

ジャックの元にネイサンソンから取引したいと連絡が入り、ジャックはカーティスをまいてネイサンソンの潜伏先へと向かう。ネイサンソンが所持していたチップから、ガスの製造元がオミクロン・インターナショナル社であることが判明。そこの副社長はジャックの元上司で、ジャックが彼の不正を暴きCTUを解雇されたヘンダーソンだった。

ヘンダーソンのトラップによる難を間一髪で逃れたジャックは、ヘンダーソンが自宅のPCにデータを移送したことを突き止め、彼の自宅へと向かう。カーティスはマーサたちを襲った犯人の遺体から図面を発見、タイラー記念病院のものだとわかる。だが、既にガスのタイマーは作動していた。カーティスの勇気ある行動で病院は事なきを得た

だが、CTUではガスを持った不審者が密かに侵入していた。ビエルコの真の狙いはCTUだった。CTUにガスが流出し、多大な犠牲者を出す。一方、医務室にいたトニーがヘンダーソンを殺そうとして、逆に反撃され、ヘンダーソンに逃亡されてしまう。

ヘンダーソンに逃げられたCTUは、ビエルコと接点のある情報ブローカーがいることをつかみ、ジャックとカーティスはその女コレットを追う。その頃、コレットはビエルコにある建物の図面を渡していた。ジャックは滞在先に戻ったコレットを拘束、彼女は免責と引き換えに「オードリーが陰謀に関わっていた」と話す。

オードリーは拘束され、尋問からカミングスと男女関係にあったことが発覚するが、容疑は全面否定する。その事実に動揺するジャックだったが、オードリーの無実を信じてコレットを再度詰問。コレットが実際に接触していた相手はヘンダーソンであり、例の図面が天然ガス供給施設のものと判明する。

ジャックは施設を爆破。数十万人の命は救われた。ジャックはビエルコを拘束、ヘンダーソンを追う。そんなジャックの元にパーマー元大統領の弟ウェインから電話が入る。大統領夫人の側近エブリンが兄を死に追いやったテロ黒幕の証拠を持っているが、娘を誘拐されていて協力を拒んでいるというのだ。ジャックはウェインと落ち合い、エブリンを説得。彼女の協力で、誘拐犯ヘンダーソンの指示した場所へと向かった。

娘を保護したジャックとウェインは証拠の音声データを取りに銀行の貸金庫へと向かう。黒幕は大統領ローガンだった。ジャックはオードリーだけに知らせ、証拠を公開する役目を彼女の父で国防総省のヘラー長官に頼んでほしいと伝える。

包囲を突破したジャックはローガンの有罪を示す音声データを持って、オードリーとヘラー長官の待つ空港へ向かう。CTUでは、オードリーの行方を追跡していたカレンの部下が空港にいることをつかみ、カレンはローガンに報告。しかし、ローガンにチームを呼び戻すよう指示され不審を抱く。その頃、空港にはヘンダーソン一味が現れ、オードリーが捕らえられてしまう。

オードリーの命と引き換えに、音声データがヘンダーソンの手に渡ってしまった。ジャックはCTUを解任されたブキャナンと、CTUの拘束を逃れブキャナン宅に非難したクロエの助けを借り、単独でヘンダーソンを追跡。銃撃戦の末、ついに拘束に成功する。だが、ヘンダーソンはデータを持っていなかった。クロエが足取りを探った結果、逃走中に接触した人物がいたことが浮上する。

ジャックは航空保安官の銃とバッジを奪いハンスを尋問するが、データは見つからない。しかも、乗客が保安官の異変に気づき、ハイジャックと誤解されてしまう。機長の協力のもと無事に音声データを取り戻したジャックは、空港に引き返すよう指示する。だが、証拠が奪われたと知ったローガンの協力者グラハムは、ローガンに飛行機を撃墜させようと画策する。

ジャックは音声データを持ってCTUへと向かう。いよいよ陰謀の黒幕が公になるはずだったが、マイルズが細工を施しデータを消去してしまう。追い打ちをかけるようにビエルコ逃亡の知らせが入る。しかも、ビエルコは新たなテロ攻撃を仕掛けようとしていることが発覚する。

ビエルコは、12基の弾頭ミサイルを積んだ潜水艦をシージャックする。空軍の迎撃を待っていたのではミサイルが発射されてしまうと判断したジャックは、艦内への潜入し、ミサイル発射解除に成功する。そしてジャックは、ローガン大統領逮捕に向かうとクロエに伝える。

ローガン大統領は保養地を出発しようとしていた。しかしここを去ってワシントンに行かれては自白を得るチャンスは無に等しい。ジャックは何とか出発を遅らせるためにマーサに時間稼ぎを要求する。

ジャックはローガン大統領に近づくため、大統領保養地から空港までの移動のヘリコプター機内で接触することを決断する。アーロン、マイクの協力を得て、副パイロットに成りすます計画を立てる。印刷工場に着陸したヘリ。ジャックはパイロットをスタンガンで気絶させローガン大統領を印刷工場に連れ込む。だが、そこで自白は引き出せず、ジャックは拘束されてしまう。

パーマー大統領の葬儀で、式典に出席していた連邦捜査官に司法長官より驚愕の連絡が入る。司法長官は、ローガン大統領の胸ポケットから万年筆を取り出し、「マイクロチップ発信機です」と教える。ジャックは彼の万年筆に細工をし、妻・マーサとの会話を記録・発信していた。

ローガン大統領は連行された。だが、それで全てが終わりではなかった。ジャックは覆面集団に襲われ、拉致されてしまう。首謀者は中国人・チャン。中国領事館襲撃の報復としてジャックの引渡しを要求した人物である。

ジャックは監禁され、中国船で運ばれていった。

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