season5から1年8ヶ月後。午前6時。中国に拉致されていたジャック・バウアーは、軍用機で本国へ送り返された。迎えに来ていたブキャナンが状況を説明する。「このところアメリカ国内で続いている爆弾テロ事件で、その首謀者であるアサードの居場所を教えると、ファイエドと名乗る男が接触して来たと言う。だがファイエドはかつて兄を殺したジャックを恨んでおり、取引はジャックの身柄と交換だと条件を出した」と。

ウェイン・パーマー大統領から、苦渋の選択だったと謝罪を受けたジャックは、テロを止められるならば喜んで犠牲になると伝える。ブキャナンは、ファイエドに指定された場所にジャックを置いて、静かにその場を去る。

この作戦を直前まで知らされていなかったクロエは、どうにかジャックを救う手は無いかと、元夫・モーリスと共に衛星でジャックの姿を監視する。しかし、それに気づいたファイエドは、CTUが裏切ったとみなし、アサードの情報を教えず、ジャックを連れて姿を消す。自分のせいだ、と涙するクロエ。

CTUに電話をかけ、アサードの隠れ家を教えるファイエド。その隙に脱出したジャックは、大統領に緊急の連絡を入れる。「ファイエドこそがテロの首謀者で、アサードはそれを止めるためにきた、いわば我々の味方だ」と。

しかし、カレンたち大統領の側近は、ジャックは長い拘留生活のために状況判断が鈍っていると判断。それに悪名高いテロリストであるアサードが、味方であるはずは無いと大統領に進言する。それにより、大統領はアサードの隠れ家を空爆するよう命令を出した。

直訴を聞き入れて貰えなかったジャックは隠れ家に急行し、間一髪でアサードを連れ出すことに成功。アサードの協力で次の爆破テロが地下鉄で起こると知ったジャックは、体に爆弾を巻いた男を追い、同じ列車に乗り込む。

ファイエドは、「さらなる爆破テロを止めて欲しければ、ロサンゼルスの軍施設に収容されている約100名ものテロリストを解放しろ」と大統領を脅迫する。午前9時までに全員を飛行機に乗せて飛び立たせろとの指示だが、危険なテロリストをみすみす解放するわけにはいかず、時間までにファイエドを発見することに賭けるしかなかった。
ファイエドの元に向かうのではないかと、その手下を尾行していたジャックたちだが、相手は尾行に気づき自爆してしまう。残骸の中から見つかったパソコンを解析すると、ファイエドたちはスーツケース型の小型核爆弾を所持していることが分かった。そしてそれを扱えるテロリストの名前も判明する。

一旦は辞めるとブキャナンに告げたジャックだったが、核爆弾があと4つあると聞かされ、任務を全うすることを固く心に誓う。

アサードの情報からロシアの元軍人がテロに関与していると知ったCTU。その男の身元を調べたクロエは、ジャックの父・フィリップが男と繋がっていることに気づく。実家に電話をかけたジャックは、父が昨日から行方が分からなくなっていると聞かされる。何か事情を知っているのではないかと、ジャックは兄・グラハムの家を訪ねる。

グラハムを拷問し、父フィリップの事件との関わりを聞き出したジャック。手がかりを探すため、核爆弾をファイエドに売ったマッカーシーという男のオフィスに潜入したジャックは、そこで父と鉢合わせする。ジャックに説得され、仕方なくCTUに協力することにするフィリップ。

グラハムはジャック、フィリップの殺害を命じる。それを回避し、自宅で逃走の準備をしていたグラハムを拘束し、その場で自白剤を打って拷問にかける。だが、グラハムが自白したのはマッカーシーの居場所ではなく、デイビッド・パーマー、ミシェル、そしてトニーの暗殺を指示したのは自分だということだった。

CTUに移送されることになったグラハムに、フィリップは親子だけで話がしたいと言う。捜査員らが席を外すと、二人は芝居がうまくいったと、ほくそ笑む。だが、用済みとなったグラハムをフィリップは始末する。

マッカーシーは、核爆弾を起爆できる技術者をついに見つけたとファイエドに連絡を入れる。その電話を傍受していたCTUは、技術者が誰かを特定する作業に追われる。ファイエドの隠れ家を発見し、突入するジャックたち。だが、ファイエドは一足違いで逃げてしまっており、さらにそこには、すでにスイッチの入った核爆弾が残されていた。なんとか解除に成功するが、残る3つもモーリスのプログラムにより、いつでも起爆できる状態らしいと分かる。

CTUは核爆弾の出所であるロシアの元軍人グレデンコが、ロサンゼルスに潜伏していると知る。CTUに戻ったジャックは、グラハムからグレデンコという名前を聞いたことは無いかと義姉のマリリンに尋ねる。すると、1ヶ月ほど前、浮気を疑いグラハムを尾行した時、とある家でロシア人の男と会っていたと言う。どの家だったかハッキリとは覚えていないらしいが、今のところグレデンコの手がかりはそれしか無い。

それを知ったフィリップは、マリリンにグラハムを殺したのは自分だと告げ、もしグレデンコの隠れ家をジャックに教えた時は、孫のジョシュも殺すと脅迫する。ジョシュを救うため、ジャックはフィリップの潜伏先に向かう。その間、マリリンから本当の情報を得たCTUは、グレデンコの隠れ家に突入する。

フィリップと対峙したジャックは、ジョシュと引き換えに自分の身柄を預けると申し出る。解放されたジョシュの姿が見えなくなると、その場にひざまずき、静かに目を閉じるジャック。だがフィリップはジャックを殺さず、そのままどこかに消え去った。そして、そこには、ある番号にかけるよう表示された携帯電話が残されていた。

電話に出たのは元大統領チャールズ・ローガンだった。政府の監視下に置かれているローガンではあったが、顔見知りのロシア大使を通じて、グレデンコの行方を探ってやると言う。

ロシア大使館を訪ねるジャックとローガン。ジャックに席を外させ、マーコフ大使と一人で面会したローガンは、マーコフがグレデンコと非常に親しいこと、そして2年前の神経ガスの一件にも関わっていたことをネタに脅し、グレデンコの居場所を聞き出そうとするが，拘束されてしまう。

ジャックがロシア大使館で囚われの身となったことを知ったCTU。中国の時の二の舞にならぬようにと、ブキャナンらは武力によるジャック奪還作戦の準備を始める。それが奏功し、ジャックは解放される。

自分たちの居場所をCTUに知られたことに気づいたグレデンコとファイエドは、核爆弾を積んだ小型無人飛行機を発進させ、その場から逃げ去った。ジャックたちの活躍により、ドローンは不発に終わった。しかし、ダニエルス副大統領は攻撃命令を撤回しない。攻撃に向かう潜水艦がイランをその射程距離に収めるまでに、もう1時間も残されていなかった。

グレデンコに情報を売っていた男を突き止めたCTU。男の自宅に突入したジャックは、男は情報を売るだけで、実際に情報を引き出しているのはハッカーの弟だと知る。男にグレデンコに電話をかけさせ、おびき寄せることに成功したジャック。だが突入の際に撃たれて重傷を負ったため、男は囮としては使えない。代わりに弟を囮に仕立て、グレデンコとの取引現場に向かわせる。

ジャックはグレデンコを捕らえる。だが、ファイエドを差し出すと取引をする。グレデンコの腕に発信機を埋め込み、ファイエドの元に向かわせるジャック。しかし、グレデンコは裏切りファイエドと共に姿を消す。

捕らえたファイエドをCTUに移送する途中、敵の集団に襲われ、ファイエドを奪回されてしまったジャックとドイル。しかし、それはCTUが仕組んだ芝居だった。同志に救助されたと思い、アジトに向かうファイエドのあとを追ったジャックは、ついに残りの核爆弾を確保する。

事件は解決したと安心したその瞬間、ジャックにチェンから電話が掛かってくる(中国政府関係者。バウアーを中国で拘束していた人物)。ロシア製スーツケース核爆弾に使われているチップと引き替えに、オードリーの身柄を引き渡す、と取引を持ちかけてきた。

取引場所に指定した廃墟となったモーテルに爆薬を仕掛け、静かにその時を待つジャック。やがてオードリーを連れ、チェンが姿を現した。ただ一人、取引現場を発見し、成り行きを見守っていたドイルは、取引が始まると、焦って応援部隊を待たずに発砲。そのせいで自爆し損ねたジャックは、チェンにチップを持ったまま逃げられてしまい、自分もドイルに逮捕されてしまう。

オードリーは救出されたが、薬物による拷問により精神的に異常をきたしていた。チェンに関する情報を聞き出そうと考えるナディアは、同じような薬物投与によるショック療法でオードリーを覚醒させようとする。「もし失敗すればオードリーは廃人になる」と、ドイルは反対するが、ナディアは聞く耳を持たなかった。ドイルは拘留室に向かうと、わざとジャックに脱走のチャンスを与えた。医務室からオードリーを救い出したジャックは、CTUの地下に立て篭もる。

チェンはチップがダメージを受け、一番欲しているロシアの防衛技術に関する情報が引き出せないことを知る。チェンの隠れ家を突き止め、突入したドイルたちだが、そこはすでにもぬけの殻だった。その頃、CTUは下水道から潜入して来たチェンの部下たちによって制圧されていた。

CTUから一人だけ連れ出され、チェンの元に送られたジョシュ。チェンから渡された電話に出ると、その相手は祖父フィリップだった。壊れたチップを修復する代わりに、ジョシュを連れて来るようチェンに交換条件を出していた。

CTU内ではジャックたちが反撃し中国人たちを制圧。敵の侵入経路をたどってチェンの隠れ家を発見する。ジョシュの奪還には成功したが、チェンには逃げられてしまい、チップも見つからなかった。チェンを見限ったフィリップは、「チップを渡す代わりにジョシュを引き渡せ」と、ダニエルスに直接交渉を持ちかける。ダニエルス副大統領はそれに応じる。

沖合いの海上油田基地がフィリップの隠れ家だと突き止めたCTU。ダニエルス副大統領は、戦闘機による爆撃で油田基地もろともチップを破壊するよう命令する。それを知ったジャックとブキャナンは、ジョシュを見殺しには出来ないと、ヘリを奪って油田基地へと向かう。

ジョシュを連れてボートで逃げようとするフィリップ。だが隙をつかれ、奪われた銃でジョシュに撃たれてしまう。ようやく捕らえた憎きチェンをブキャナンに任せ、ジョシュを探していたジャックは、船着場でその姿を発見する。

戦闘機から発射されたミサイルが迫る中、ジョシュを乗せ飛び立ったブキャナン。爆発と同時にジャンプしたジャックは、ヘリから垂れたロープに掴まり脱出に成功する。ジョシュはジャックが途中で海に落ちたことに気づく。慌てて引き返したブキャナンだが、ジャックの表情を見て、わざと海に飛び込んだことを知る。その気持ちを汲んだブキャナンは、ジャックを拾わずそのまま飛び去る。

その15時間後、ジャックはヘラー長官の家に忍び込み、彼にその銃口を向けていた。助けることができた娘・オードリーをどうして救出しなかったのだ、と責めるジャック。だが、ヘラーは「君は呪われている、君が触れた者は皆、最後には命を奪われることになる」と告げる。ジャックは銃を降ろし、再び姿を消す。

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