理想の男性を追い求める平凡な女性ジューン・ヘイヴンス(キャメロン・ディアス)は、ある日、ボストン空港でハンサムな男性、ロイ・ミラー(トム・クルーズ)と運命的な出会いを果たす。だがその男の正体は、ジューンが夢に見た理想の男性どころか、重要任務を帯びたFBI所属のスパイだった。

飛行機に同乗したが、その他の客、そして乗務員やパイロットまでもがロイを捕獲しようと目論むFBI組織の人間だった。彼らはロイの奪った通称"ゼファー"という名の永久機関である電池、そしてその発明者であるサイモン・フェックを狙っていた。

ロイを「素敵な男性」としか思わなかったジューンは、いきなり飛行機を操縦しだして一気に悪夢のような世界に足を踏み入れる。だが、普通の女性のままであってほしいと願うロイは、ジューンを眠らせて今までの生活に戻した。

だが、ジューンは、ロイの足取りを探るFBI・フィッツジェラルド(ピーター・サースガード)らにより拘束されてしまう。それをロイは助け出す。そこから、2人の逃避行が始まる。同時に、ロイは永久機関"ゼファー"の発明者であるサイモン・フェックも匿っていた。

サイモンは、危機を察知して、一足先に逃げ出していた。隠れ家に残された暗号を元に、ロイはサイモンとの合流場所に向かう。

「FBIの中に裏切り者がいて、"ゼファー"を武器商人に売り払おうとする人物がいる。奴らからこの"ゼファー"とサイモンを救い出さなければならない」と言うロイだったが、明らかに挙動不審なロイを追跡し、ロイがスペインの武器商人・アントニオと連絡をとって商談を進めているところを聞いてしまう。

ロイこそが裏切り者なのでは、と混乱するジューン。ロイの居場所をFBIに教え、追跡者に撃たれて河にロイは落ちてしまい、生死は不明となった。その後、ジューンは妹の結婚式に無事参席することができた。
日常に戻ったが、一つ腑に落ちなかったことが。ロイのことだった。「ロイは、常に自分に優しく接してくれた。もしかしたら、妹の結婚式に出席できるように、わざと自分が裏切り者であるかのように振る舞ったのでは？」と考えた。

そこで、彼の携帯装置に表示されていた住所に向かった。そこには、ナイト(Knight)老夫婦が暮らしており、彼らはロイの実の両親だった。ロイはスパイになる上で軍事作戦中に亡くなった、ということにされていた。だが、ロイは多額の金を「雑誌の懸賞金」などと称して贈っていたり、常に何か危険が及ばないか、などと監視していたりしていた。

そこで、ジューンは「"ゼファー"は私が持っている」と嘘を吐き、アントニオにコンタクトをとる。アントニオの元には、サイモンの身柄をおさえていたフィッツジェラルドがやってきており、身柄と引き替えに商談を進めていた。

そこにロイが現れ、ジューンを救出した後、サイモン奪還に動き出した。激しいカーチェイスの後、フィッツジェラルドに"ゼファー"を渡してサイモンを救う。"ゼファー"は不完全で、爆発してしまい、ヘリは大破してフィッツジェラルドは死亡した。

ロイはサイモンを救う際、撃たれてしまった。病院でロイは治療を受けることになる。そこに、看護士に扮したジューンがやってきて、彼を眠らせた上で連れ去ってしまう。ロイは気づくと、海岸にいた。

ジューンに「ケープ・タウンに行くわよ。ナビとDJお願いね」と告げられる。最初は戸惑うロイだったが、快く引き受けた。一方、ロイの両親の元には、ケープタウン行きの航空チケットが贈られていた。

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