実業家兼、発明家のトニー・スターク（ロバート・ダウニー・Jr）は、米国政府と契約を結ぶ巨大軍事企業スターク・インダストリーズのCEO。彼は、政府とのパイプ役を努める親友の軍人ローディ（テレンス・ハワード）とともに、アフガニスタンで自身が開発したクラスター型ミサイル「ジェリコ」を現地の在留アメリカ空軍にプレゼンすべくアフガニスタンを訪れていた。実験は大成功に終わる。

だが、武装テロ集団の襲撃を受け、重傷を負って拘束されるトニー。一味に監禁されている医師インセン（ショーン・トーブ）は彼に人工心臓を移植、一命を取り留める。だが、テロ組織のリーダー、ラザ（ファラン・タヒール）はトニーに新兵器の製造を強要。連行された組織のアジトには、スターク・インダストリーズ製兵器の数々が並んでいた。

自分が開発した兵器がテロに利用されていたことを知り、ショックを受けるトニー。彼はミサイルを作るフリをして、飛行可能なパワードスーツ・マークＩを製造、敵の隙を突いて脱出する。だが、マークＩは砂漠で全壊。心身に深い傷を負いながら帰国を果たす。

会社に戻ったトニーは、幹部役員オバディア・ステイン（ジェフ・ブリッジス）の反対を押し切り、兵器産業からの撤退を発表する。そのニュースに世間が騒然とする中、秘書ペッパー・ポッツ（グウィネス・パルトロー）やローディの協力を得て、新たなパワードスーツの開発に着手。やがてそれは、戦闘機並みの飛行能力、戦闘力を備えたマークIIを経て、赤と金に輝くマークIIIへと進化を遂げる。

世界を乱す悪との戦いを決意するトニー。だが、彼の知らないところでスターク・インダストリーズは武器販売を続けていた。ラザ一派による民家襲撃のニュースを耳にしたトニーはマークIIIで出撃、テロリストを一掃する。一方、砂漠に残されたマークＩの残骸と設計図から、さらに恐ろしい兵器が作られようとしていた。
ラザ一派の黒幕はスターク・インダストリーズの重役・オバディア。トニーを襲い、パワードスーツの秘密を手に入れた彼はその本性を現す。

ラザ一派にトニーを襲撃させたのもオバディアだった。彼は、トニーを暗殺しようと企てていたのだった。それを知った秘書・ペッパーは、政府機関に相談し、オバディア拘束に乗り出す。だが、オバディアはトニーから膨大なエネルギーを生み出す熱プラズマ反応炉「アーク・リアクター」の小型版を奪い取り、独自開発したパワードスーツで反撃に出る。

一方で、新型のアーク・リアクターを奪われるも、以前に使用していた旧版を使用し、トニーはパワードスーツで出撃する。オバディアの圧倒的なパワーに翻弄されるも、プラズマ反応炉を爆発させることでオバディアにダメージを与え、辛勝する。

この騒動は一般市民にも知れ渡り、「アイアンマンは誰か？」と話題になった。当初はアイアンマンの正体は警備員であるとしていたが、会見でトニーはあっさりと自身がアイアンマンであると明かしてしまう。

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