冒頭は、蓮実聖司が両親殺害を実行するシーンである。ナイフを片手に、全裸で両親の寝室へと忍び寄っていく。父親は蓮実聖司が「生まれつき他者へ共感する能力に乏しく、人を殺害することに何とも思っていない。早く社会から隔離する必要がある」と妻に告げていた。そこに聖司は現れ、両親を刺殺する。

時は流れ、蓮実聖司(伊藤英明)は晨光学院町田高校に英語教諭として勤務していた。集団カンニング防止のため、蓮実(伊藤英明)は妨害電波による携帯電話を通信不能にすることを提案する。

蓮実(伊藤英明)は生徒から絶大な人気を誇り、職員やPTAの間でも信頼が厚い。だが、その正体は決定的に他者への共感能力に欠けた生まれついてのサイコパス(反社会性人格障害)で、邪魔者は躊躇せず簡単に殺害するサイコキラーだった。

まず彼を悩ませていたのは、モンスターペアレントの清田勝史だった。娘である梨奈がいじめられていると思い込み、蓮実に面会を求めては文句を言い続けていた。そこで、蓮実(伊藤英明)は猫よけに置かれていた清田の家のペットボトルの中身を灯油にすり替えていた。清田のタバコの不始末で引火した灯油により、清田の自宅は全焼し、清田は焼死した。

次に、蓮実(伊藤英明)のクラスの生徒である蓼沼将大(KENTA)という厳つい風貌の不良少年を排除しようとしていた。蓼沼が、蓮実(伊藤英明)と安原美彌(水野絵梨奈)とキスしている現場を見たと考えていたことも理由の一つだった。学校の裏掲示板に「蓼沼が清田の家に放火した」と書き込み、クラスからさらに疎外感を感じさせ、暴れさせた。退学とはならなかったため、暴れた日に「飲みに行くか？」と誘い、蓼沼を殺害した。

このような蓮実(伊藤英明)の裏の顔に気づいていた同僚の釣井教諭(吹越満)は、同じく蓮実(伊藤英明)の正体を怪しんでいた早水圭介(染谷将太)とともに、教室で蓮実(伊藤英明)の経歴について話をしていた。
蓮実(伊藤英明)は、両親の死後、京都大学に入学するも2ヶ月で中退。その後、アメリカのハーバード大学を卒業し、MBAを取得後、有名金融企業でトレーダーとして才覚を発揮したが2年余りで退職し、教諭となっている。この「いくつも経歴に空白がある」ことを、釣井教諭(吹越満)は怪しんでいた。

この話の内容を盗聴していた蓮実(伊藤英明)は、釣井教諭(吹越満)を自殺に見せかけ殺害。さらに、早水圭介(染谷将太)を共謀者がいないか尋問・拷問した上で殺害した。

全ては闇の中に葬り去られていた、かにみえた。だが、関係を持っていた生徒・安原美彌(水野絵梨奈)に、殺害した蓼沼(KENTA)の携帯電話を持っていたことを知られてしまう。そこで、蓮実(伊藤英明)は安原美彌(水野絵梨奈)を殺害することにした。

遺書を作成し、「柴原教諭(山田孝之)に陵辱され続け、もう生きていけない」と記載。そして、飛び降り自殺に見せかけて殺害した。だが、その現場に生徒がやってきてしまう。そこで、その生徒をやむなく殺害せざるを得なかった。

二人の殺害をどのように理由付けるか…蓮実(伊藤英明)は思案していた。そこで、ある1つの恐ろしい考えが浮かんだ。「木を隠すなら森の中」という言葉のように、死体の山の中に安原美彌(水野絵梨奈)たちの死体を隠蔽することだった。全てをクレー射撃を趣味とする久米剛毅教諭(平岳大)のせいに仕立て上げ、ショットガンによる全クラスメイト殺害を目論んだ。そこから、蓮実による大量殺戮が始まった。

全生徒および校内にいた2人の教諭を殺害し、呼び出した久米教諭(平岳大)を自殺に見せかけて殺害。自分は久米教諭に監禁されていた、と証言し、全ては終息するかに見えた。ところが、蓮実の裏をかいた片桐怜花(二階堂ふみ)、夏越雄一郎(浅香航大)の証言と、AEDに残された生徒殺害時の声が決めてとなり、蓮実は逮捕された。すぐさま蓮実は「悪魔に取り憑かれた」などの証言を開始し、心神喪失状態であるかのような言動を繰り返し始めた。

「狂っている…」と夏越雄一郎(浅香航大)が呟いた一方、片桐怜花(二階堂ふみ)は、「蓮実(伊藤英明)は新しいゲームを開始したんだ」と呟いた。殺害したはずの安原美彌(水野絵梨奈)が、目を覚ましたところでラストシーンとなる。

<おまけ>
作者の貴志祐介さんが、冒頭の職員室のシーンで登場しています。「蓮実先生、期待してますよ」と話しかける。その机の上には、著作の『新世界より』が置かれている。

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