モート・レイニー（ジョニー・デップ）は、人気作家だった。そんな彼には、別居中の妻エイミー（マリア・ベロ）がおり、離婚協議に追われていたため、疲労のため公私共にスランプに陥っていた。

そんなある日、彼の家に謎の男ジョン・シューター（ジョン・タトゥーロ）が現われる。シューター（ジョン・タトゥーロ）は、モート(ジョニー・デップ)が自分の小説を盗作したというのだ。モート(ジョニー・デップ)には全く覚えのない疑惑であり、時期的にも盗作はありえない。シークレット・ウィンドウというのは、モート（ジョニー・デップ）著作の短編小説であり、シューター（ジョン・タトゥーロ）が『自分の作品だ』と言って置いていったものだった。

だが、その小説はラストが異なっていた。シューターの小説では、妻を殺害して庭に埋める、というラストになっていたが、モート(ジョニー・デップ)の小説ではそうではない。シューター（ジョン・タトゥーロ）は、小説の結末を書き換え、自分の名前で出版することを要求し、執念深くモートを追い詰めていく。

モート(ジョニー・デップ)は友人の探偵、ケン・カーシュ（チャールズ・Ｓ・ダットン）に調査を依頼する。だが、飼い犬のチコを殺害されたり、エイミー（マリア・ベロ）の家が放火で全焼し、モートの盗作疑惑を晴らす雑誌は灰となった(注：妻エイミーは、ニューヨークの屋敷に、不倫相手のテッドと暮らしている。テッドはもうエイミーの事実上のパートナーになっているが、離婚届を出すのにはモートは渋っている)。

さらに翌日、シューター（ジョン・タトゥーロ）の目撃者(モート・レイニーとジョン・シューターが屋外で口論している時トラックで通りがかった際、モート・レイニーの姿しか見ていないと証言している)や探偵・ケン（チャールズ・Ｓ・ダットン）が殺害されてしまう。モートはシューターを操る影の存在について考え、エイミーの今の恋人、テッド（ティモシー・ハットン）を疑い始める。
実は、シューター（ジョン・タトゥーロ）とは、モート(ジョニー・デップ)の頭の中に住むもう一つの人格だった。モート(ジョニー・デップ)はエイミーとの不和をきっかけに、自分の中にシューター（ジョン・タトゥーロ）を生み出してしまったのだ。そしてモート（マリア・ベロ）の心身を支配したシューター（ジョン・タトゥーロ）は、離婚届にサインをしてもらいにやってきたエイミー（マリア・ベロ）を殺害し、彼女の遺体を庭のトウモロコシの下に埋めるのだった。また、エイミーを心配してやってきたテッドも殺害されてしまう。

後日、明るい表情の"モート"(ジョニー・デップ)は、執筆活動に精を出していた。髪型も変わり、歯の矯正を始めたり、別荘にトレーニング・マシーンを置いたり、別人のようになっている。すでにモート(ジョニー・デップ)の人格は喪われ、シューターに支配されているのだった。デイヴ・ニューサム（レン・キャリオー)が立ち寄る。そこにはトウモロコシが勢いよく生い茂っている。その地面の下には妻エイミーとテッドが埋まっている。シューターの望む結末になっていたのだった。


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