・監督：ジョセフ・コシンスキー
・脚本：ジョセフ・コシンスキー、ウィリアム・モナハン、カール・ガイジュセク、マイケル・アーント

起：エイリアンによる侵攻、地球の壊滅

2077年、エイリアン"スカブ"の攻撃を受けて地球は壊滅する。人類は他の惑星へ移住するが、ジャック（トム・クルーズ）は高度1,000 mの上空から地球を監視するため、たった1人で地球に残っていた。

エイリアンは、人間に対し攻撃的で、ジャックは、残存するエイリアンの監視と始末を続けていた。エイリアンは、人類の土星（タイタン）移住に必要な吸水プラントを破壊しようと狙っているのだという。

承：ジュリアとの再会

ある日ジャックは、墜落した宇宙船を見つける。大破した宇宙船からは、5つのカプセルが転がり出る。ジャックは生存者を救助しようとするが、ジャックのパトロールマシン「ドローン」は次々とカプセルを攻撃してしまう。

最後のカプセルを守ると、美女ジュリア（オルガ・キュリレンコ）がそこには眠っていた。彼女は目を覚ますと、会ったこともないジャックの名前を口にする。

ジャックは断片的な記憶をたどるが、誰もいないはずの地球で、謎の男ビーチ(モーガン・フリーマン)によって拘束される。そこで、エイリアンであるはずの"スカブ"の正体が、人間だったことが明らかにされる。

転：ジャック、ヴィクトリアの正体

ジュリアの「私はあなたの妻だった」という告白を聞き、ジャックは60年前、地球に住んでいたこと、そしてジュリアにプロポーズしたことを思い出す。

真実を知ったジャックは、管理室に戻るが、そこでパトロールマシン「ドローン」にヴィクトリアが殺害される。ジャックとジュリアも追われ、放射能汚染区域に逃げ込む。そこには、ジャックと同じ顔をした人間がいたのだった。そして、ヴィクトリアと全く同じ顔の人間もいた。

ジャックとヴィクトリアは、クローンで作られた人間だったのだ。そこで、謎の男・ビーチが真実を告げる。

60年前、どこからともなくやってきた「テット」が付きを半壊した。そして何千ものクローンとして作られたジャック、そしてドローンが人間を殺戮し続けたのだという。ジャック、ヴィクトリアらは、エイリアンにさらわれ、クローンを作られ、監視・人類の抹殺に利用されていたのだ。

ジャックたちは知らないが何組ものクローンが同じ地上監視をしている。なお、ジュリアは、エイリアンに誘拐されそうになり、主人公が咄嗟に脱出艇だけを切り離して逃がし、宇宙漂流していたのだ。その後、地球に墜落し、ジャックが発見したのだ。「テット」に反旗を翻し、人類を解放させようとしていたのが、謎の男・ビーチたちだったのだ。

結：テットの破壊、地球再生

真実を知ったジャックは、ドローンに命令し、テットを破壊に向かわせようとする。ところが、別のドローンが基地に侵入し、戦闘の最中、ビーチも重症を負ってしまう。

攻撃する手段を失ったジャックは、自身でテットに向かうことを決める。そして、ジャックはテットで爆弾を爆発させ、自爆により地球を守ったのだ。地球上で目を覚ましたジュリアは(注釈：ジュリアは「ジャックとともにテットへ向かう」と言ったが、ジャックは連れて行かず、カプセルを地球に置いたままにした。そして、別のカプセルにビーチを入れ、ビーチとともにテットへ向かったのだった)、テットの爆発を見上げた。

ジャックとジュリアの間には、子供がいた。その子を産んだジュリアは、小屋で暮らしていた。そこに、ジャックのクローンが現れる。「君を最後に見てから3年、君の面影は僕に張り付いていた。僕はジャック・ハーパー。…僕は知っていた、僕は彼だ。僕はジャック…ハーパー、家に戻った」のナレーションで、幕は閉じる。

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