簡単なあらすじ

1) スパイを引退し、教官となっていたイーサン・ハント（トム・クルーズ）は、教え子リンジー(ケリー・ラッセル)が誘拐されたことを知り、奪還作戦に挑む。だが、頭部に仕掛けられた爆弾で、リンジーは死亡してしまう。
2) 教え子の復讐のため、闇商人デイヴィアン（フィリップ・シーモア・ホフマン）をイーサンは捕獲するが、再び逃げられてしまう。そして、婚約者のジュリア（ミシェル・モナハン）を誘拐されてしまう。
3) ディヴィアンを倒し、ジュリアを救出するが、上司であるマスグレイブが実は裏切り者であると判明する。ジュリアの手助けもあり、無事に作戦が終了する。
4) イーサンは全てを知ることになったジュリアとともにIMFの基地を訪れ、チームの面々の祝福を受け、ハネムーンに出かける。

起：イーサン・ハントの現場復帰

スパイを引退したイーサン・ハント（トム・クルーズ）は、現場を退き教官としての仕事をしながら、婚約者のジュリア（ミシェル・モナハン）と幸せな日々を過ごしていた。

新人スパイの教育に当っていたイーサンだが、教え子リンジー(ケリー・ラッセル)が誘拐されたことを知らされ、その救出作戦に参加する。しかし救出に成功したと思ったのも束の間、リンジーは頭に仕掛けられた爆弾で死んでしまった。

彼女は生前にメッセージを残しており、それによれば「IMF上官のブラッセルがブラックマーケットの商人であるオーウェン・ディヴィアンと結託して裏切り行為を働いている」という。

一連の事件の裏に、闇商人デイヴィアン（フィリップ・シーモア・ホフマン）がいることを知ったイーサンのチームは、デイヴィアンを捕獲すべく、バチカンへと向かった。

承：奪われた婚約者・ジュリア

バチカンで闇商人に変装したイーサンは、ディヴィアンを急襲し、アメリカに移送する。移送中、尋問を行うが、口を割らない。帰国後、逆に襲撃を受けたイーサンは、デイヴィアンに逃げられてしまう。

イーサンに恨みを抱くデイヴィアンは、ジュリアを誘拐。「機密物質であるラビットフットを48時間以内に探し出さないとジュリアを殺す」と脅迫してきた。

転：ラビットフット

IMFに身柄拘束されたイーサンだったが、上司・マスグレイブ(ビリー・クラダップ)の機転により、イーサンは脱出に成功。「ラビットフット」があるという、上海に向かった。そこにはチームの面々も揃っていた。

高層ビルに潜入し、「ラビットフット」を盗み出すことに成功するイーサン。それをデイヴィアンの元に持っていくが、頭に爆弾を埋め込まれた挙句、目の前でジュリアを殺されてしまう。

悲嘆に暮れるイーサンだったが、そこにマスグレイブが現れ、実は殺されたジュリアが偽者だったことを明かす。

結：ジュリアとの蜜月

イーサンは、ジュリアが囚われている場所へと向かう。デイヴィアンに立ち向かい、ジュリアの頭部に仕掛けられた爆弾を解除することにも成功する。次に、自分に仕掛けられた爆弾を解除するため、自ら電気ショックを受けるが、そこでイーサンは気絶してしまう。

だが、そこに現れたマスグレイブが、実はディヴィアンと結託していたことが判明する。気絶したままのイーサンの代わりに、ジュリアはマスグレイブを射殺する。元看護婦のジュリアが心臓マッサージでイーサンを蘇生させる。

イーサンは全てを知ることになったジュリアとともにIMFの基地を訪れ、チームの面々の祝福を受け、ハネムーンに出かける。

トリビア

・J・J・エイブラムス監督は、自分が製作した『エイリアス』の第1シーズンDVDボックスをトム・クルーズに進呈して売り込み、初監督作品の本作の監督の座を射止めた。

・撮影中にスタントマンが事故で負傷し、映画制作会社を訴える騒動があった。

・2006年6月21日、主演のトム・クルーズが、東京 - 新大阪間の新幹線「のぞみ」を借り切った来日キャンペーンを行った。

・「ラビットフット」なる兵器が登場するが、詳細は明かされていない。

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