・監督：堤幸彦

起：天での戦い、その後

「時を止める」能力を持つSPECホルダーであり弟でもあるニノマエ（神木隆之介）のクローンとの死闘を終えた当麻紗綾（戸田恵梨香）、瀬文焚流（加瀬亮）たち(SPEC 天)。彼らは瀕死の状態で病室に担ぎ込まれる。

当麻は軽傷であり、瀬文を見舞う。そんな最中、青池里子（栗山千明）と、その娘でスペックホルダーの潤（森山樹）を発見するが、再度、行方不明となってしまう。瀬文は無理を押して病院を出る。

承：シンプルプランの進行

SPECホルダーと人類の間で始まる人種間戦争は静かに始まろうとしていた。秘密裏に「シンプルプラン」が画策されていたのだ。

「シンプルプラン」では、SPECホルダーのみに感染するウィルスを拡散しようというもので、プロフェッサーJ(香椎由宇)なる人物がウィルスを作成したのだという。どうやら、ニノマエのクローンを作成していたのもプロフェッサーJであったのだという。

当麻の上司・野々村(竜雷太)は、シンプルプランについての情報を入手し、単独で潜入調査に向かう。シンプルプランで使用されるウイルスが入った小瓶を入手する野々村。彼が当麻の元へ小瓶を送ったところ、野々村は射殺される。

転：ウィルスの感染・拡散

当麻は、ウィルスを元にワクチン作成を開始する。そこに、野々村が現れた。野々村は、プロフェッサーJに操られ、小瓶を奪い取ろうとする。

瀬文らは野々村を射殺する。プロフェッサーJの登場もあり、その攻防の最中、小瓶が当麻の手の中で割れる。SPECホルダーにのみ感染するウィルスはかくして拡散してしまったのだ。

結：プロフェッサーJの死、セカイの策略

プロフェッサーJは、当麻たちの元を去る際、狙撃を受けて死亡する。当麻たちは、野々村の死、そしてウィルス感染の問題などを抱えることとなったのだ。

セカイ(向井理)は、当麻のウィルス感染の報告を受ける。報告した人物は、当麻たちが出会ったプロフェッサーJとは異なる人物である。ところが、その人物にセカイは、「ありがとう、プロフェッサーJ」と呼びかけるのだった。

続き：「劇場版SPEC 結 爻ノ篇」あらすじ・ネタバレ

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