起：シャハルタの秘宝

オランダ・アムステルダム。その上空では、多くの宝物を乗せた巨大飛行船で「シャハルタ共和国開国記念レセプションパーティー」が開催された。そこに現れたのは小型飛行船に乗った空賊たち。狙いは巨大飛行船に展示されているある水晶だった。

会場に潜り込んでいたルパンは、お宝を奪うために空賊と争奪戦になる。女性空賊・ユティカとのお宝のはいったバッグを奪い合った末、ルパンはバッグごと飛行船から落下する。無事にパリのアジトにたどり着いたルパンだったが、バッグの中身は赤ん坊、ラームと空のケースだった。

承：ルパンたちの作戦

ルパン一世の遺した記録によると、クーデターにより共和国となったシャハルタには、王国だった時代の宝物が隠されているはずだった。真のお宝を手に入れるためにある策を思いついたルパンは、ラームを連れてイギリスやフランスなどの名だたる博物館をこれ見よがしに襲い始める。

シャハルタ共和国の総理大臣・シオンと、シャハルタで生産されるヘリウムを独占的に扱っている多国籍企業の重役・コーシャルはルパンに誘拐されたラームの救出を、銭形警部に依頼していた。何か裏があることを感じながらも、銭形は捜査を開始。イタリアに現れたルパンを逮捕しようとするが、そこで突然ユティカにラームを奪われてしまう。

転：ジーヴァの依頼

ユティカを追って空賊のアジトに潜り込んだルパンと次元。ラームは死んだ仲間の遺児で空賊たちは水晶と共に取り返そうとしていた。

空賊のリーダーのジーヴァは王室に使える元近衛兵であった。「コーシャルによって引き起こされたクーデターで、王室の人間は国を追われてしまった。そして、コーシャルによって国の資源が食い物にされてしまっている。我々は、奪われたシャハルタの魂を取り戻すために闘い続けてきたのだ」という。そこにバナードの手引きを受けたコーシャルの部隊が現れ、王家の秘宝の内半分を奪われてしまう。

ジーヴァはルパンに「シャハルタのお宝を報酬にユティカを助けてほしい」と依頼し、妻のカーミラと共にルパンたちの逃亡の時間稼ぎと裏切りの責任のためにアジトを自爆させた。
その後、ルパンたちはシャハルタに向かい、奪われた王家の秘宝を取り返そうと城に侵入するがそこでルパンはヘリウム抽出技術のパテント目的で潜入していた不二子と出会う。

一方でユティカは自分そっくりのラーシャと出会う。二人は前シャハルタ国王の双子の姉妹だったのだという。消されてしまいそうになるユティカのもとに、ルパンが現れる。ルパンは、宝の在り処を示した地図(王家の秘宝を組み合わせると地図が現れる)と引き換えに、ユティカを引き渡せと交渉する。その最中、ルパンはシオン(シャハルタ共和国大統領。コーシャルの傀儡として動いている)に撃たれてしまう。ルパンは重症を追いながら、その場を脱出する。

結：シオンの思い

ユティカはルパンを看病し、ルパンは一命を取り留める。ルパンは王家の秘宝のありかへと向かうが、コーシャルたちも向かっていたのだ。ルパンたちのもとへ、コーシャルの刺客がやってくるが、それを生き延びた空賊のリーダーのジーヴァたちが助ける。

王家の秘宝とは、財宝と高度な飛行技術であった。財宝を乗せた島にルパンたちと、コーシャルは乗り込む。そこでシオンは、「王室は国民によって破壊されてしまった。私はシャハルタという国を恨んでいる。だからこそ、コーシャルに協力して国を破壊しようとしていたのだ」と告げる。コーシャルの脚を撃った後、自らの身体に括りつけた爆弾で爆破しようとしていたが、そこでコーシャルに撃たれて瀕死となる。

コーシャルは島から落下しそうになるが、銭形平次に助けられ、逮捕される。ルパンたちは、亡くなったシオンの遺体を残し、その島を去るのであった。

亡くなった前大統領に代わり、ラーシャがシャハルタの大統領として統治することになった。その傍らには、ジーヴァの部下たちが近衛兵として仕えているのだった。


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