・原作：モンキー・パンチ／青山剛昌
・監督：亀垣一
・脚本：前川淳
・キャラクターデザイン：平山智／須藤昌朋
・撮影監督：野口龍生

起：ヴェスパニア王国の跡継ぎ問題

ヴェスパニア王国で悲しい事故が発生した。叔父のジラード公爵（屋良有作）に連れられて王子がキツネ狩りに出かけた森で、母・サクラ女王が死亡。責任を感じた王子が、拳銃自殺を図ったのだ。

母と兄を突然失ったミラ王女（堀江由衣）が王位を継ぐことになるが、王国では反対デモが相次ぎ、ミラも心を閉ざしたまま。女王と王子の死に疑問を抱いたミラの側近・キース（緑川光）は、日本でのレセプションへの出席を口実にミラを国外に連れ出すことになる。

承：ミラと蘭の出会い

ミラにとっては日本も安全ではなかった。彼女を狙った何者かが、レセプション会場のワインに毒を仕込んでいたのだ。偶然居合わせ、ミラと蘭（山崎和佳奈）の瓜二つぶりに驚いていたコナン（高山みなみ）が異変に気付き事なきを得るが、その直後、ミラがレセプション会場のホテルからいなくなってしまう。

同じ頃、ルパン（栗田貫一）は次元（小林清志）とともにヴェスパニアの鉱山に潜入していた。次なるルパンの狙いは、王国に伝わる秘宝「クイーンクラウン」。それを手に入れるためには、この鉱山でしか採取できない希少鉱物・ヴェスパニア鉱石が必要なのだ。しかし、かつて次元の手で徹底的な指導を受けた王国の軍隊に発見され、鉱石を手に命からがら現場を後にする。

転：ヴェスパニア入国

一方、ホテルの近くで偶然蘭と出会ったミラは、機転を利かせてお互いの洋服を交換。制服姿で行方をくらませようとしていたところをコナンに見破られてしまうが、そこに不二子（増山江威子）が助けに現れた。そのまま、ミラは不二子とともに東京の夜の街へ向かう。

ミラを含める3人が消えて得する人間は、次の後継者候補となるジラード公爵。キースはジラードが犯人だと考え、蘭に協力をコナンと次元に捜査を依頼する。蘭は、キースに頼まれて翌日の帰国の朝までミラの代理を務めることに。そして翌朝、キースの手で眠らされた蘭は、王室専用機に乗せられてヴェスパニアへ向かう。

蘭のピンチを知ったコナンは決死の覚悟で飛行機に潜り込んだ。同じ頃、不二子に連れられてヴェスパニアに戻ったミラは、ルパンと合流。一方小五郎も、銭形警部（納谷五郎）とともにヴェスパニア入りを果たした。五ェ門（井上真樹夫）も密かに行動を開始する。

結：ジラードの拘束

銭形は人々を集めると『クイーンクラウン』盗まれたと説明を始める。そして、ここに王宮内の人たちを集めたのは、この中にルパンがいるからだと言う。

一方、ジラードが犯人という確証を得たコナンは、いつも通り睡眠針で小五郎を狙う。しかし、なぜか針はかわされ、銭形の首元に刺さる。銭形はすぐに目を覚ましてしまう。だがその時、小五郎が銭形（コナン）の言葉を拾い推理の続きを話しだす。小五郎だと思っていた人物は、なんと小五郎に化けていたルパンだった。

自殺したジル王子が拳銃を握っていたのは右手、しかし、ジル王子は左利きだった。
普段ジル王子は右手を使うように教育されていたという。そして、猟銃で使うライフルはジラードと同じものを使っていたことから、右利き用だった。

ルパンは、「ジラードが、ライフルマークでバレないように、サクラ女王を撃った自分の猟銃とジル王子のをすり替えた」と指摘する。

しらを切るジラードに、ルパンは猟銃をジラードに向けて発砲する。しかし、込められていた弾丸は空砲である。「自分の猟銃に込められていた弾丸のことを知らないのは、おかしい」とコナンは指摘する。

追い詰められたジラードは宮殿を爆破する、と脅すが、峰不二子によって電波が無効化されており、不発に終わる。ジラードは取り押さえらた。

桜の木の下でクイーンクラウンをミラ王女に返すルパン。ルパンは昔、サクラ女王と「この国が良い国になったら、また盗みに来る」と約束していた。今度はミラ王女とその約束するのだった。

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