起：七瀬の失踪

解離性同一性障害（多重人格障害）で入院中の黎士の妹・七瀬（大島優子）。病室に現れた謎の美少女(桐谷美玲)に唆され、“レイコ”という凶暴な別人格に体を乗っ取られてしまった七瀬は、担当医師や看護師たちに暴行し、入院先から逃亡してしまう。

病院から七瀬の逃亡の連絡を受けた麻陽（柴咲コウ）は、ロイド（木村拓哉）や沫嶋研究室の助手の斗夢（ジェシー）、薫（山本美月）、倉田（池田大）らと共に手分けして七瀬を探す。

承：アスラシステムの限界

捜索中の麻陽の前に、暗殺者のケプラ（伊達暁）とメンデル（谷田歩）が襲い掛かる。麻陽を護るため今までと同様に戦闘モードOS・アスラシステムを起動させて戦うロイド。

だが、ケプラとメンデルは以前よりアップグレードされており、ロイドは2人を倒すどころか逆に重傷を負わされて、アスラシステムが限界に達してしまう。麻陽に詰め寄るケプラとメンデルは、上空に発生した雷雲を見て逃げ出す。

麻陽と共にマンションに戻ったロイドはすぐにサプライヤーのサプリ（本田翼）から修理を受けるが、ロイドはアスラシステムを起動させる最後の注射器（液体状の分子タスクコマンド）をケプラ＆メンデルとの戦いで既に使い切ってしまい、次の戦闘が難しい状況に陥る。

転：謎の美少女の正体

沫嶋研究室では3人の助手たちが七瀬の行方を突き止めるため、手がかりを得ようと七瀬のパソコンを調べ始める。その中に、アスラシステムに関するデータや、アンドロイド設計図が入っていることを見つける。

データを見ていたところ、ARX IX(謎の美少女；桐谷美玲)が現れる。そして、謎の美少女(桐谷美玲)は「私は、アンドロイドの設計図を元に、七瀬の人格"レイコ"が生み出したロイドを超えるアンドロイド」と明かすのだった。

一方、ロイドはケプラとメンデルに付着していた腐食性のウィルスにより、上肢が切断されてしまうといった大きなダメージを負っており、サプリ(本田翼)により治療を受けていた。

結：ARX IX(謎の美少女)の暴走

研究室にやってきた星新造(桐谷健太)と葦母衣朔(遠藤憲一)を殴打し、七瀬は星と葦母を捕らえる。そして、「私の不幸は、黎士という兄の存在。私は、その兄の光の影なのよ」と告白する。

「星、あんたにも分かるでしょ？黎士に勝てないから、研究者にならなかったんでしょ？」と言う七瀬に、星は「君は間違っている。沫嶋博士は、『君を最強の理解者だ』と言っていた。誰にも理解してもらえない、認めてもらえないというのは違う」と告げる。

星の説得により、レイコの人格は消え、七瀬は元に戻るが、その七瀬をARX IX(謎の美少女)は撃つ。そして、星、葦母も撃つのだった。

ロイドは負傷したまま、サプリを眠らせて決死の覚悟でARX IX(謎の美少女)に立ち向かう。そして、サプリの助力によって七瀬、星、葦母たちは蘇生する。

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