簡単に説明すると…
1) 団地で立てこもり事件が発生する。そこにNPS隊員・神御蔵一號（向井理）が待機していた。事件は、一號たちNPSチームの活躍により、解決する。
2) 一號は、18年前に小学生の時、連続通り魔事件を目撃し、友人・ゆづる(吹石一恵)は、その事件で両親を失う。プロボクサーを経て、警官になる。だが、NPSに誘われるも、18年前のこともあり、「犯人を殺さずに確保することで、どうして犯行が行われたのか、それを知るべきではないか」と考え、一號はNPS入りを拒んでいた。
3) 香椎隊長（大森南朋）は「NPSはその考えを実現できる場所だ」と説明。一號はNPSに入隊するのだった。

起：団地立てこもり事件

団地で、銃を持った2人の男が、主婦と小学生の男児を人質にとり、立て籠もっていた。カーテンが閉められた薄暗い室内で、アサルトスーツを着込んだNPS隊員・神御蔵一號（向井理）は壁に拳を当てて立っている。

一方、外からはSATの狙撃手・蘇我伊織（綾野剛）のライフルの照準が、銃を持ち周囲を伺う男を捉える。蘇我は狙撃の指示が出るのを、微動だにせず待っている。しかしSAT隊長・中丸文夫（髙嶋政宏）は、今回のSATの任務はNPSの後方支援のため別命があるまで待機をするしかないと命令をしてこない。

NPS隊長・香椎秀樹（大森南朋）は、「第3のS」の目的である「人質はもちろん犯人も、誰ひとり絶対に死なせるな」と無線で隊員たちに指示を出す。そして、香椎は突入のカウントを始める。

承：警官の負傷

総理から「直ちにSATを投入せよ」との命令が下り、蘇我らSAT隊員たちは現場へ出動する。隊長・中丸が無線で各隊員に制圧の命令を下そうとしたとき、警視総監から「指示があるまで待機しろ」と命令される。

興津らは付近で女性を誘拐し、現金3億円と海外へ逃亡する航空機を要求してきたのだった。さらに興津らは日本の警察は人の命が第一だから人質がいると撃ち返せないとたかをくくり、窓から人質を突き落とす。

最前線にいた銃対員・篠田（小澤亮太）は、人質を受けとめるつもりで列から飛び出してしまう。しかしその人質はマネキンで、篠田がそれに気づいた瞬間、銃声が響き篠田の身体が地面に打ち倒される。

興津らは篠田を的に銃を乱射し、「警察狩りだ！」とからかうように叫ぶ。身動きが取れない他の銃対員たちのなか、野次馬の足止めのため応援警官として集められていた一號が、盾2枚を結合し篠田に向けて駆け出していく。

周囲がどよめくなか篠田を守るように盾を構える一號に、興津たち「半グレ」集団の容赦ない銃弾の雨が降り注ぐ。そしてその頃、まだ公表されていない新設の特殊部隊チーム、第3の「S」である特殊部隊「NPS」(警察庁特殊急襲捜査班 Nationai Police Safetyrescue)が極秘に投入されていた。

特殊部隊員たちの活躍により、現場警察官の犯人グループを壊滅させるに至るが、リーダーの興津が手にしていた手榴弾が一號の目のまえに転がり落ちてきてしまう。ピンは抜けており、爆発寸前であったが、狙撃手・蘇我が一発の弾丸で手榴弾を宙に弾いて爆発させたことで、一號は危機を脱する。

転：NPS加入

半年前。警視・香椎秀樹（大森南朋）が一號のもとを訪れ、特殊部隊「SAT」「SIT」に続く、「第三のS」の特殊部隊「NPS」に一號をスカウトにやってくる。人質の女性を救出した特殊部隊というのは「NPS」入りが決まっているメンバーであったと明かされる。だが、一號はある思いから誘いを断る。

一號が断ったのには、18年前、彼の小学生時代の事件が関係していた。18年前、幼馴染のゆづるの両親が、通り魔に射殺される事件が起こった。ゆづるも一號も間近で一部始終を目撃していた。犯人の男が警官に射殺されたが、犯人が死亡したことでなぜ犯行に至ったのかは結局、解明されなかった。
　
犯人の死をもって事件を終わらせることで、被害者を苦しめることもあるが、一方で一號は「凶悪犯だからと、有無を言わさず殺害するべきではない」と考えていた。そうした考えから、「NPSでは働けません」と、断ったのだ。

そんな折、一號のもとへ、通り魔事件の一方が入る。地下街で、サバイバルナイフを持った犯人により、で8名が殺傷される。最近、発生している5件の通り魔事件と同一犯ではないかという疑いが浮上していた。

一號は現場付近にいた。そして、ゆづるも付近にいたのだ。一號は電話でゆづるの無事を確かめるが、その直後、ゆづるの近くの老婆が犯人の男に刺されてしまう。犯人は手榴弾を持っており、錯乱状態だった。

犯人は一號が渾身のストレートを顔面に放ったことで倒れ、確保される。一號は香椎から狙撃手・蘇我を紹介される。蘇我は「俺の射線上から何故どかなかった？」と怒りを込めて一號を問い詰めるのだった。
　
一號は「犯人を生かし、確保しようとしたのです」と説明するのだった。18年前の一件を知った香椎は、NPSはまさに一號の考えを活かせる特殊部隊であると話す。そのことから、NPSに加入することを決意するのだった。

結：事件解決

半年後の2014年、再び団地に戻る。NPSは香椎隊長、副官・速田仁（平山浩行）、中隊長・古橋誠二朗（池内博之）、らとともに、団地で発生した人質事件を解決に導く。

突入のきっかけは、一號が隣室から壁を突き破って犯人に放ったパンチであり、犯人は壁から現れた拳にノックアウト、もう一人の犯人とともに確保されていたのだった。彼らの活躍により、事件は早急に解決したのだった。

次話：S -最後の警官 第02話 あらすじ・ネタバレ


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