簡単に説明すると…
1) 横川秋（土屋アンナ）が、「M」こと正木圭吾（オダギリジョー）に拉致される。
2) 一號（向井理）に正木からメールが届き、一號（向井理）1人で来い、と告げられる。
3) 一號は正木に一撃食らわせるが、取り逃がす。負傷した隊員が出たが、秋を救出することができた。蘇我伊織(綾野剛)は、NPSに出向となる。

起：さらわれた秋

訓練施設でSATとNPSの合同訓練が行われていた。初日の障害踏破訓練、異なる理念を掲げる2つの特殊部隊の直接対決は、互いの意地と誇りをぶつけ合う熾烈な戦いとなった。

2日目「エントリー訓練」の直前に、前代未聞の事件が発生する。「エントリー訓練」に人質役を買って出ていた横川秋（土屋アンナ）が、会場に向かう途中で国際テロリスト「M」こと正木圭吾（オダギリジョー）に襲撃され拉致されたのだ。

警察幹部たちは、日本警察最後の砦たる「S」が出し抜かれたという失態を公にすることを良しとせず、警察内部にも極秘でSAT本部に現場警備本部を設置することにする。

承：Mの罠

息詰まる時間が流れるなか、警察幹部の対応に憤りを感じる一號（向井理）の携帯に、秋からのメールが届く。添付された動画には、傷だらけでグッタリしている秋が拘束されている姿と、銃を秋に突きつけている正木の姿が写っている。そして、正木が一號に対して「お前が一人でここに来い。さもないと、この女の命はない」とメッセージを告げるのだった。

メディアに顔をさらしたことで、一號が名指しされた可能性を香椎秀樹 隊長(大森南朋)は指摘し、一號は待機させる。さらに香椎は、桐山塾・霧山六郎(近藤正臣)の関与を疑う。霧山は国際テロリストの存在を訓練直前ににおわせていたことから、そのタイミングの良さから疑わしいと考えたのだ。

転：正木との対峙

「N」システムの照会データと、現場付近の防犯カメラ、送られてきた動画の音声解析で秋が拉致された場所をつきとめたSAT・NPSの隊員たちは、ついに侵入を始める。

ハンドラー・梶原竜一(高橋努)が被弾する。わざと他の隊員を狙うことで、一號を孤立させようとしているのだと蘇我（綾野剛）は気がつく。香椎はそのことを一號に告げるのだが、一號はいてもたってもいられず、突入してしまう。だが、それは一號を孤立させるための罠だったのだ。建物内に入った一號の前に、正木が姿を現した。

結：秋の救出

正木は、一號に「お前が死ねば、この国の警察力は飛躍する」と告げ、撃つ。だが、一號の前にSAT隊員・嵐悟(平山祐介)が現れ、体を呈して一號を守る。嵐は、一號に訓練中に助けられたため、その借りを返したのだった。

一號は蘇我の援護を受け、飛び出す。そして、正木の顔に一撃を喰らわせる。だが、正木は閃光弾を投げつけ、逃げ出す。正木を取り逃して落ち込む一號に、香椎は「今回の件、断じてお前のせいではない」と励ますのだった。

香椎は、霧山に正木とつながっているのではないか、と訊く。だが、霧山は否定も肯定もしなかった。

無事に帰ってきて、弱音を吐く一號に、ゆづる(吹石一恵)は「あなたは警察官に向いている。これからも生きて帰ってきて」と声を掛けるのだった。

蘇我伊織(綾野剛)は、NPSに出向となり、一號たちの仲間となるのだった。

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