簡単に説明すると…
1) 女子高生の加藤由真（飯豊まりえ）が、自殺を図る。自殺者の傍らに「M」が使用する銃弾が置かれているということが多発していたため、「M」の関与が疑われた。
2) 由真の話から、「神父」というハンドルネームの男が浮かび上がるが、神父こと板橋満生（滝藤賢一）は自首してきた。
3) 板橋は、自殺志願者たちを救いたかったのだ。「御守」として銃弾を渡していたのだったのだが、誤った意図で自殺者を出してしまったことを悔い、自首したのだ。板橋は移送途中で腹部を刺されてしまう。心停止に至るが、一號の心臓マッサージで、一命を取り留めた。

起：加藤由真の救急搬送

NPSのメンバーがSATから出向してきた蘇我（綾野剛）の歓迎会を開いていた頃、女子高生の加藤由真（飯豊まりえ）が、イジメが原因で、睡眠薬過量内服による自殺を図ったという連絡が入る。ここしばらく、自殺者の傍から「M」が使用するのと同じ、ナイクラッド弾 通称「コップキラー」が残されている事件が連発していたことが判明し、「M」との関連性が疑われていた。

由真が救急車で運ばれた先は、偶然ゆづる（吹石一恵）が勤める病院で、床の上に落ちた拳銃の弾を拾ったゆづるは、ちょうど入院していた秋（土屋アンナ）に、拳銃の弾を見せ相談する。秋は香椎隊長(大森南朋)に報告し、香椎隊長は「M」との関連性を調査することとなった。

承：神父の自首

一命を取り留めた由真から一號（向井理）らは話を聞くと、その背景に「神父」というハンドルネームの人物が浮かび上がる。プロバイダー情報から、住所が判明。NPSは、「神父」の居場所をつきとめ、確保に向かう。

「神父」こと板橋満生（滝藤賢一）の部屋に突入するが、板橋の姿はなかった。彼の部屋から、どうやら板橋は医師のようだった。その頃、板橋はナイクラッド弾の箱を持って交番に自首をしていたのだった。「神父」こと、板橋を尋問する一號。

転：板橋の本意

板橋は、末期の癌を患らい、勤務していた総合病院の心療内科を退職していた。現在は自宅で化学療法治療を継続していた。

銃弾を入手するきっかけは、自殺サイトを見るようになってからだった。相談を受けるようになり、「神父」と名乗るようになったのだ。その相談を受ける中で、「M」と名乗る人物から銃弾を渡されたのだった。それを御守として持ってもらえれば、自殺せずにいられるのではないか、と考えたのだ。板橋は自殺志願者を救おうとしたのだ。

ナイクラッド弾を送ったのは19人であり、11人が自殺をせずにいられたのだった。だが、板橋は「私はどんな罪でも受け入れます」と、止めることができなかったことを悔いていた。

結：刺される板橋

事件自体がテロと関係なかったため、NPSの調査終了が香椎により宣言される。なぜ「M」が板橋にナイクラッド弾を渡したのかは不明なままだった。

翌日、「神父」を名乗る現代の悪魔、として板橋はマスコミでニュースに取り上げられるようになった。一號は、板橋の移送前にもう一度顔を見たい、と勾留先の警察署に向かう。

移送されようとする板橋が、港署から出てきた。多くのマスコミ関係者が押し寄せる中、1人のナイフを持った男が板橋に近づき、腹部を刺した。犯人は、社会正義を果たすために現れた男だった。犯人を取り押さえた一號は、板橋に声を掛け続け、一號の心臓マッサージにより蘇生する。だが、意識を取り戻すことはないだろう、と医師に告げられる。

由真は、ニュース番組に電話を掛け、板橋の本当の意図を語る。最後の板橋のメールは、「自分は間違えたかもしれない。私の贈り物は、彼女の心を少しも楽にしていない。…私の思いは、あなたたちに生きて欲しいというものです。人は、命の続いていく限り、生きているべきなのです…あなたたちは、生きていて良いのです」という内容であったのだ。

由真は、「この御守によって生きていきます」と生きていく決意を語るのだった。

悔やむ一號に、蘇我(綾野剛)は自身の生い立ちを語る。蘇我の姉を強姦した犯人が、出所後に再び姉を刺殺したのだ。それが蘇我が犯人を憎む理由だった。「大切な人を殺害されても、その犯人を救うのか？」と蘇我は一號に問いかける。一號は答えることができなかった。

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