簡単に説明すると…
1) 東京都千代田区日比谷で、爆発事故が怒る。それは、サイバーテロ犯・筧が引き起こしたもので、筧自身も爆死した。その中で、倉木尚武（西島秀俊）の妻・千尋（石田ゆり子）が死亡した。
2) 妻が亡くなった理由を探るため、倉木は調査を始める。その中で、アテナセキュリティという警備会社が関わっていることを知る。
3) 新谷和彦（池松壮亮）という男が、筧を追っていた。そして、誤って爆発事故を引き起こしてしまったのだった。そのこともあり、新谷は消されそうになっていたが、九死に一生を得る。だが、高所から海に落ちたため、記憶を失っていた。その記憶を取り戻すため、アテナセキュリティの部下から事故や筧の持っていたというICチップの存在を知る。

起：倉木の妻の死

東京都千代田区日比谷、15時8分に人通りの多い都心の繁華街で爆発が起きた。道は一瞬にして瓦礫で埋まり、粉塵の舞う中にいくつものうめき声が響き渡る。煤にまみれて助けを請う人々、カメラで現場を記録しようとする若者、泣きながら何かを見つめ立ち尽くす少女･･･搬送先の病院は多数の死者と重軽傷者で溢れかえった。大規模で凄惨なこの事件を、警察はテロの可能性も視野に入れて捜査すると発表した。

警視庁公安部特務第一課警部の倉木尚武（西島秀俊）は、監察医務院で爆心地にいた人間の遺体を確認する。もはや原型を留めていなかったが、彼にはそれが妻の千尋（石田ゆり子）だとわかった。千尋の身元がわかったのは、友人2人と一緒にいたからだった。

彼を案内した捜査第一課警部補の大杉良太（香川照之）は気遣う言葉をかけるが、倉木は嘆くでも怒るでもなく、事件の詳細についてまるで尋問のように大杉を追及する。友人2人の名を聞き出そうとするが、大杉は答えない。「なぜ妻は死ななければならなかったのか？ 本当の真実が知りたい」その強い思いが、倉木を衝き動かしていく。

承：新谷の失敗

山道を進んだ崖の上で、新谷和彦（池松壮亮）は銃口を突きつけられていた。新谷は、爆発事件の犯人だった。にじり寄る男たちに、新谷は「お前は百舌に早贄にされる」と告げ、崖から蹴り落とされる。新谷は意識不明の重症で病院へ搬送されるが、一命をとりとめる。

事件から数日後、倉木は、千尋が巻き込まれた悪夢に苛まれ続けていた。大杉は、早朝の公園でランニング中の公安部公安第二課巡査部長・明星美希（真木よう子）を引き留める。彼女は事件当時現場近くにいたが、それがただの偶然であると事情聴取で証言していた。美希が何らかの情報を隠していると踏んでいた大杉は強気に迫るが、美希は涼しげに大杉をかわす。

捜査は進み、爆心地で遺体で見つかった筧俊三（田中要次）という男が爆弾所持者と特定された。目撃情報によれば、繁華街で筧が千尋のもとへ駆けつけた直後に、筧の鞄から爆発が起きたという。筧は、サイバーテログループ・パラサイトレッドのメンバーであった。

「私情を挟む」という理由で捜査への参加を許されなかった倉木は、筧が所属していたサイバー・テログループの幹部・千葉に単独で接触。彼らが防衛省のサーバーをハッキングしたという捏造の証拠をちらつかせ、「筧が近々大物を脅して爆弾が手に入ると言っていたこと」、「受け渡しは喫茶店で女とすると話していたこと」を吐かせる。

一方、大杉は単独で勝手な捜査を進める倉木を訝しくも不思議に思い、裏で彼の素性を探り始める。倉木は、公安の情報収集部隊のエリートだった。大杉は、事件を探っている中、筧のターゲットは倉木の妻なのではないか、と考える。だが、倉木はその仮定を「狙われる理由がない」と否定する。

転：アテナセキュリティ

倉木は仕事帰りの美希に接触する。大杉の時と同様にあしらって立ち去ろうとする美希だが、倉木はそれを許さない。彼を“怖い”と感じた美希は、自分が当時、新谷和彦という男を追っていたこと、そしてその先で目撃した、筧と謎の女について話し出す。新谷は、筧を追っていたのだ。喫茶店で筧が女と会っていた時、それを新谷は見張っていたことを明かす。

銀座・井筒屋の前で、筧が大声を上げ、走りだそうとした。だが、その最中に爆発が起きた。新谷はプロの殺し屋であり、筧のターゲットは筧ではなかったのだった。そして、新谷はアテナセキュリティという警備会社に雇われていた。

一方、都心から外れた病院の一室では、崖下から緊急搬送された男・新谷が目を覚ます。

倉木は、アテナセキュリティを張っており、美希の情報による東和夫(長谷川博己)という役員の周囲を探り始めた。実は、美希は上司・津城俊輔(小日向文世)により情報を流すように指示されていた。津城は、美希に「倉木の妻は、ある内偵を行っていた」と告げる。

倉木は、妻の友人から、爆発事故の直前について聴取していた。ホームレスに絡まれ、その直後、筧が「おい！ちょっと待て！」と大声をあげて近づいてきたのだという。

結：記憶を失った新谷

倉木は、大杉に娘の死について語った。風呂場の浴槽で事故死したのだというが、果たして事故だったのか、と疑念を持っていた。また、妻はリストカットを繰り返すなど、自殺を考えていたことを明かす。倉木は、妻の過去と爆発事故が何かしらの関連があるのではないか、と考えていた。倉木の妻が関わった作戦は、その関係者が次々に不審死していた。その作戦に、"ダルマ"という謎の人物が関わっているという。

新谷は、病室から抜け出し、屋上にいた。記憶が失われ、断片的に爆発事故の光景がフラッシュバックしていた。名前も忘れたという新谷のため、医師は記者・中島葵美(有村架純)に調査を依頼する。

ネットニュースを見たアテナセキュリティの中神甚(吉田鋼太郎)は、赤井(田口トモロヲ)にすぐさま新谷を始末するように指示する。山中で新谷を殺害しようとするが、逆に新谷に返り討ちにされる。荒木からアテナセキュリティ、爆発事件について情報を得る。東は、新谷が隠し持つICチップを探していた。

新谷は、アテナセキュリティ・東の配下から、ICチップと妹のことについて情報を得る。ICチップは、筧が持っていたのだという。だからこそ、新谷は筧を追っていたことが明らかとなる。

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