簡単に説明すると…
1) チャールズ・エグゼビア（ジェームズ・マカヴォイ）は、同じくミュータントのエリック・レーンシャー（マイケル・ファスベンダー）に出会う。
2) エリックは、母親を殺害した科学者セバスチャン・ショウ（ケヴィン・ベーコン）に復讐しようとしていた。エリックらは、ショウの結成した「ヘルファイヤークラブ」を壊滅させ、ショウの動きを止めようとしていた。
3) ショウを倒したエリックらだったが、今まで彼らを利用してきたCIAは、ミュータントたちを殲滅させようとした。その中でチャールズは傷つき、エリックとチャールズは別々の道を歩んでいくこととなった。

起：チャールズとエリック

1960年代、裕福な家庭に生まれ、名門大学に通うチャールズ・エグゼビア（ジェームズ・マカヴォイ）は、強力なテレパシーを使うことができるミュータントだった。

チャールズは、自分と同じような特殊な能力を持つ者の存在に気付き始める。そんなときに出会ったエリック・レーンシャー（マイケル・ファスベンダー）は、強力な磁力を発生させ、あらゆる金属を自在に操る能力を持っていた。エリックはナチスに母親を殺され、復讐を誓いひとりで生きてきたという過去があった。

承：打倒・セバスチャン・ショウ

ミュータントの能力を使い、人類と闘うべきか共存するべきか異なる信念を抱いていた2人だったが、友情を深める。

やがて2人は世界各地のミュータントを仲間として迎え入れていく。しかし、戦時中にエリックの母親を殺した元ナチスの科学者セバスチャン・ショウ（ケヴィン・ベーコン）が、ミュータント集団“ヘルファイヤークラブ”を結成していた。

チャールズとエリックは、ついにショウの居場所を突き止め、復讐しに向かうが、エリックは怒りで暴走してしまう。チャールズに救われるが、その最中にショウを逃がしてしまう。

転：CIAの反逆

ショウは、トルコにミサイルを設置す、第三次世界大戦を勃発させるべき、暗躍していた。その動きを察知したCIAはチャールズとエリックを連れて偵察に出る。
その中で、ロシアの将軍を仲間に引き入れようとしている“ホワイト・クイーン”ことエマ・フロスト（ジャニュアリー・ジョーンズ）をとらえることに成功するが、アジトにショウの姿はなかった。

ショウは、CIAがミュータントを利用していることを察知し、CIAを襲撃していた。
ショウを中心とするヘルファイヤークラブによる力で基地は壊滅しする。ヘルファイアークラブに打ち勝つべく、チャールズたちは、トレーニングを開始する。

ヘルファイアークラブは、キューバにミサイル基地を築こうとしていた。そこにチャールズたちは阻止しようと向かう。激闘の末、ショウを倒し、危機はさろうとしていた。

結：引き裂かれた友情

CIAは、功労者であるミュータントを殲滅させようとし、わざとミサイルをチャールズたちミュータントにむけて発射する。この動きに怒りを爆発させたエリックは、ミサイルを艦隊にむけて方向転換を行う。

これを止めようとモイラ・マクタガート(ローズ・バーン)は、エリックにむけて発砲するが、その銃弾をエリックが方向を変え、チャールズに直撃する。結果、チャールズは下半身不随になってしまった。

この件をきっかけとし、彼らの友情の絆は引き裂かれてしまう。チャールズはX－MENを設立するプロフェッサーXに、エリックはミュータント・テロリスト軍団“ブラザーフッド”の首領マグニートという、反する道へ進んでいく。


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