・総監督：庵野秀明
・監督：摩砂雪、鶴巻和哉
・演出：原口浩
・特技監督：増尾昭一
・脚本：庵野秀明
・原作：庵野秀明

簡単に説明すると…
1) 未曾有の大災害「セカンド・インパクト」から15年後の東京。碇シンジという少年が、国連直属の特務機関「NERV」の最高司令の父であるゲンドウに呼び出される。
2) ゲンドウはシンジにエヴァンゲリオンに乗り、使徒と戦うように指示する。最初は拒否するシンジだったが、重傷の綾波レイが戦わされることを見過ごせず、エヴァに搭乗する。
3) シンジは、複数回、負傷しつつも使徒と戦闘を繰り返す。そんな中、月面では渚カヲルが棺から目覚めていた。

起：父からの呼び出し

突如世界を襲った未曾有の大災害「セカンド・インパクト」で、人類の半数近くは死にいたり、世界の各地には大破壊の痕跡が刻みこまれた。セカンド・インパクトから15年後、人類はようやく平穏な日々を取り戻したかに見えた。

14歳の少年・主人公の碇シンジ（声：立木文彦）は、3年間会っていなかった国連直属の特務機関「NERV」の最高司令である父・ゲンドウに呼び出され、第3新東京市にやって来る。

その道中、巨大な謎の生命体・第4使徒と国連軍との戦闘に巻き込まれる。窮地を葛城ミサト（声：三石琴乃）と名乗る女性に救われ、難を逃れる。ゲンドウは、NERV本部に到着したシンジに、NERVが開発した汎用ヒト型決戦兵器・人造人間「エヴァンゲリオン」初号機を見せ、パイロットとなって使徒と戦うことを強いる。

拒否するシンジだったが、重傷を負いながらも戦おうとする女性パイロット・綾波レイ（声：林原めぐみ）の重傷を目のあたりにし、戦闘を決意する。

シンジは、エヴァ初号機を歩かせることに成功するが、不慣れな操縦で転倒。第4使徒に捕まえられ、腕と頭部を破壊される。だが、初号機は暴走を起こし、使徒を倒す。

承：第5使徒襲来

ミサトの家に身を寄せることとなったシンジ。学校で、鈴原トウジから、使徒とエヴァによる戦闘で妹が怪我をしたという理由で、殴られてしまう。シンジは、自身が望んだことではないにも関わらず非難されることに不合理を感じる。

第5使徒襲来に伴い、再びエヴァに乗ることとなる。戦闘を見物に来ていたトウジと相田ケンスケを避難させ、劣勢でミサトに退避命令を出されるも無視し、使徒を殲滅することに成功する。

ミサトから命令違反を叱責され、家出するが、追跡していたNERVの保安部により連れ戻される。

転：サードインパクトの危機

第6使徒が襲来し、使徒が放った光線により負傷する。この負傷により、シンジはエヴァへの搭乗を拒否する。

ミサトは、シンジにジオフロント深部に拘束された第2の使徒「リリス」を見せ、リリスと使徒との接触による「サードインパクト」を防ぐため、使徒と戦う必要があると説得。シンジは、エヴァに乗ることを了承する。

結：第六使徒の殲滅と渚カヲルの目覚め

日本全土の電力を要する陽電子砲の一撃は、使徒に命中するが、致命傷とはならなかった。シンジは恐怖に怯え、ゲンドウは砲手を綾波レイに変えようとするが、ミサトはシンジに任せるべきと主張する。

2射目の準備を始めるシンジに再度、使徒の光線が襲うが、レイの乗る零号機が身を盾にして防ぐ。シンジによる初号機の放った陽電子砲の2射目によって第6使徒は殲滅された。
一方、月面では渚カヲルが棺から目覚めていた。

次話：「ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破」あらすじ・ネタバレ


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