・総監督：庵野秀明
・監督：摩砂雪、鶴巻和哉
・特技監督：増尾昭一
・脚本：庵野秀明
・原作：庵野秀明

簡単に説明すると…
1) エヴァの初号機パイロットとなることを決めた碇シンジの元へ、同じくエヴァのパイロットである式波・アスカ・ラングレーが現れる。
2) アスカはエヴァ3号機の実験のため、搭乗する。だが、3号機には使徒が隠れており、暴走する。その暴走を止めるべく、シンジは初号機で出動させられるが、戦いを拒否したため、ダミーシステムに切り替えられ、初号機はアスカの乗ったエントリープラグごと噛み砕く。
3) アスカは一命をとりとめるが、シンジはパイロットを辞める。そんな中、再び使徒が襲来。綾波レイが捕食されたところを見たシンジは、再び戦うことを決意。使徒に立ち向かい、レイを救出する。そこに戦いの結果、「サード・インパクト」が起こりそうになるが、それを6号機に乗った渚カヲルが阻止する。

起：マリの戦い

碇シンジ(声：緒方恵美)は、汎用ヒト型決戦兵器「エヴァンゲリオン」の初号機パイロットとして、人類を滅ぼそうとする敵・使徒と戦うことを選んだ。

旧北極のNERV基地「ベタニアベース」では、封印から目覚めた第3使徒に対し、真希波・マリ・イラストリアス(声：坂本真綾)を搭乗させたエヴァンゲリオン仮設5号機が出撃していた。仮設5号機は負傷しつつ、辛くも敵を殲滅させる。

承：アスカ登場

父・碇ゲンドウとともに、母・碇ユイの墓参りをする碇シンジは、その帰りに海上を歩行する第7使徒を目撃。そこに、上空で輸送機から放たれた式波・アスカ・ラングレーの搭乗するエヴァンゲリオン2号機が現れ、使徒を撃破していた。アスカは、ドイツからやってきた少女で、シンジと同じくミサトの家に同居し、同じ中学校に通うことになる。

ゲンドウと冬月コウゾウは、建造中のエヴァ6号機の視察のためSEELEの月面基地「タブハベース」へ赴く。そこに、第8使徒が出現し、NERV本部への落下攻撃がほぼ確実と判明する。

ミサトは、シンジ、レイ、アスカ3者による戦いを提案。シンジたちの見事な働きにより、使徒を撃破する。

転：アスカの危機

NERVの北米第2支部で、エヴァ4号機が支部ごと消滅し、実験の続行が不可能となったため、3号機が急遽日本に移送されることになった。

起動実験の日に、綾波レイがシンジとゲンドウの和解のため企画した食事会が重なっていることから、アスカは、自らテストパイロットに志願。だが、アスカの乗った3号機には使徒が侵入しており暴走・大爆発する。

ゲンドウは、エヴァ3号機を第9使徒として処理するため、シンジの初号機のみを出撃させる。だが、アスカがまだ搭乗している状態であり、シンジは戦闘を拒否。ゲンドウは、初号機をダミーシステムに切り替え、結果、3号機は徹底的に破壊される。初号機は使徒のコアを、アスカの乗ったエントリープラグごと噛み砕いてしまう。

結：サード・インパクトの阻止

アスカは一命を取り留めたものの、精神に不調をきたし、隔離される。シンジはパイロットを辞めることを望む。

マリが2号機に乗って単独で出撃し、ジオフロント内に侵入した第10使徒を迎撃。しかし第10使徒の強力なA.T.フィールドに阻まれ太刀打ちできず、返り討ちにあう。

次にレイが零号機でN2航空誘導弾を抱えて自爆攻撃を仕掛けるが、失敗。2号機が倒れたすぐ先にいたシンジを、マリは2号機の手でシェルターから外に連れ出す。使徒は、綾波レイの乗る零号機を一瞬で捕食した。

シンジは戦うことを決意し、NERV本部へ戻る。第10使徒は、ミサトたちのいる第一発令所を襲撃する。シンジは、使徒を倒し、コアからレイを救い出す。零号機のコア、レイ、使徒をも取り込んだ初号機は、「サード・インパクト」を引き起こすかに見えたが、月面から飛来した渚カヲル搭乗するエヴァ6号機が槍で初号機のコアを貫き、食い止めた。

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