・総監督：庵野秀明
・監督：摩砂雪、前田真宏、鶴巻和哉
・総演出：鈴木清崇
・特技監督：増尾昭一
・脚本：庵野秀明
・原作：庵野秀明

簡単に説明すると…
1) 前回の「ニア・サードインパクト」から14年後。シンジは、衛星軌道上の初号機からサルベージされた。ミサトたちネルフ職員らは、反ネルフ組織「ヴィレ」を立ち上げ、使徒・ネルフのエヴァと戦っていた。そこから脱出したシンジは、父・ゲンドウらネルフ本部で、渚カヲルと出会う。
2) カヲルとエヴァ13号機に乗り込み、ニア・サードインパクト爆心地であるセントラルドグマ最深部へ向かう。そこで、第1使徒であるカヲルはゲンドウの罠で13使徒に堕とされ、カヲルは覚醒。フォースインパクトが起ころうとしてしまう。
3) 本来、シンジの"覚醒"を防ぐためつけられた首輪「DSSチョーカー」が、カヲルに付けられており、発動して死亡する(カヲルは、シンジを13号機に乗らせるため、説得のために自身に付けた)。さらに、マリが8号機でシンジの乗るエントリープラグを排出させ、フォースインパクトは防がれたのだった。

起：目覚めたシンジ

衛星軌道上に封印されていたエヴァンゲリオン初号機から、碇シンジ(声：緒方恵美)がサルベージされる。目覚めた世界では、14年が経過していた。

ミサトたち旧ネルフ職員らは、反ネルフ組織「ヴィレ」を立ち上げ、使徒とネルフ側エヴァと戦っていた。ヴィレは、回収した初号機をコアとした艦艇「AAA ヴンダー」を建造していた。

承：ヴィレからの脱出

艦内で、シンジは、葛城ミサト（声：三石琴乃）や式波・アスカ・ラングレー（声：宮村優子）たちから冷たい態度を取られる。綾波レイを助けた代償として、初号機は「ニア・サードインパクト」を引き起こし、世界が半壊してしまったためであった。助けたはずのレイも、初号機からサルベージされなかったと聞かされる。

シンジは、二度とエヴァに乗らないことを厳命され、覚醒した場合には絶命させられる首輪「DSSチョーカー」まではめられてしまう。

そこにエヴァMark.09が襲来する。搭乗する「レイ」の声（声：林原めぐみ）に促され、シンジはMark.09の手に乗り脱出。ネルフ本部へと向かう。

転：エヴァ13号機とカヲル

荒廃したネルフ本部でシンジは父・碇ゲンドウ（声：立木文彦）と、謎の少年・渚カヲル（声：石田彰）と出会う。ゲンドウはシンジにカヲルと共に、新造されるエヴァ13号機に搭乗することを命令する。

シンジはレイが生きていたことを知り、喜ぶ。だが、実はそのレイは新たな複製体であり、自分の知るレイがまだ初号機の中にいることを知り、絶望する。第13号機完成後も、シンジはエヴァに乗ることを拒否するが、カヲルがシンジの首輪を外して自分の首に移してまで説得したことで、シンジは搭乗する。

結：フォース・インパクト

シンジとカヲルを乗せたエヴァ第13号機は、"レイ"の乗るMark.09とともにニア・サードインパクト爆心地であるセントラルドグマ最深部へ辿りつく。「人類補完計画」発動のキーである、2本の槍を先に手に入れるためだった。

カヲルは、第2使徒リリスとMark.06に刺さる2本の槍を見て、そこにあるべき槍ではないと困惑する。アスカの改2号機とマリの8号機の妨害を受けつつも、2本の槍を抜く。すると、Mark.06の体内に潜んでいた第12使徒が活動を再開する。

第12使徒は第13号機に吸収され、第13号機は覚醒する。覚醒した第13号機は上空へと浮上。カヲルが引き金となって(ゲンドウの罠により、カヲルは本来第1使徒であったが、第13使徒に堕とされた。本来は第13使徒はない)、「フォース・インパクト」が始まる。

ヴィレの艦艇「AAA ヴンダー」は第13号機を襲撃。さらに、Mark.09と改2号機を交えての交戦となる。その最中、首輪「DSSチョーカー」が発動し、カヲルは首に十数発の弾丸を打ち込まれ絶命した。

覚醒状態を止めた第13号機は地上へ落下するが、フォース・インパクトの進行は止まらず、マリが8号機でシンジの乗るエントリープラグを排出させ、止まった。

地上に落ちたエントリープラグの中で蹲っていたシンジをアスカが助け出し、"レイ"も現れる。アスカは、シンジの手を引いて歩き出し、レイも2人を追った。

前話：
「ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序」あらすじ・ネタバレ

「ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破」あらすじ・ネタバレ


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