簡単に説明すると…
1) 遠藤賢司(八嶋智人)がダイニングバーで発生した男性の傷害事件で逮捕される。被害者は、代議士の公設秘書だった。
2) 久利生は、本当に遠藤が犯行を行ったのか、検察特捜部の妨害を受けつつ捜査を行う。遠藤が合コン中に撮影した写メの背後に、遠藤が証言する犯人と思しき赤い服の男が映っていた。
3) 真犯人は、暴力団員だった。政治家の先の選挙で妨害を依頼され、その報酬を巡ってトラブルになったのだった。検察特捜部は、スキャンダルを暴くことを目的として遠藤を拘束し続けた。

起：拘束された遠藤

寝不足気味で登庁した久利生公平（木村拓哉）は、麻木千佳（北川景子）に深夜のネット通販のやり過ぎを指摘され、田村雅史（杉本哲太）は妻が勝手に飼い犬を増やしたことを嘆く。

そんないつもの朝だったが、遠藤賢司（八嶋智人）がいない。その時、電話に応対していた川尻健三郎（松重豊）の驚愕の声が響く。牛丸豊（角野卓造）からの連絡で、遠藤は殺人未遂で逮捕されていたことが判明する。

城西支部には特捜部が乗り込み、遠藤の身の回りの品物が押収される。そして、特捜部検事の首藤礼二（石黒賢）が、遠藤の取り調べは自分たちで行うと宣言した。首藤は事務官の神田川（渋川清彦）と共に取り調べを始める。

承：被害者の男性

遠藤にかけられた嫌疑は、ダイニングバーで発生した男性の傷害事件だった。男性はトイレで太腿を刺され、倒れていた。個室に潜んでいた犯人に突き飛ばされ、被害者の腹部に倒れこんでしまい、さらには落としたメガネを拾おうとしたところ、床に落ちていたナイフを掴んでしまう。タイミングが悪いことに、トイレに店員がやってきてナイフを持ったところを発見されてしまった。

合コン中、たまたま事件に巻き込まれたと主張する遠藤だが、首藤は納得しない。遠藤の私物から、自らを検事とする名刺が発見されたことも、さらに信用を失わせていた。これには城西支部メンバーもあきれてしまう。

久利生は、「これから二次会だって時に、人を刺すか？」と遠藤の犯行ではないと考える。久利生と千佳は、遠藤に刺されたという被害者が入院する病院へ向かう。しかし、被害者の病室には検察官が張り付いていて聴取できない。それでも、久利生と千佳は看護師から、被害者は代議士の私設秘書だという情報を得る。

川尻は牛丸に被害者の身元を確認するが、何かを隠している様子。首藤の取り調べも進む気配がない。久利生たちは、さらに事件を捜査する。

転：赤い服の男と黒い噂

久利生は、事件を担当した刑事に話を聞きに行く。そこで、検察特捜部が刑事のところにやってきて、早く送検しろ、と圧力を掛けていたことを知らされる。そして、警察の取り調べで、遠藤は「赤い服の男がトイレの個室に居た」と証言しているのにも関わらず、特捜部はその男を探している様子がなかった。

久利生は、秘書の刺された理由が代議士の"黒い噂"に関係しているのではないか、と指摘する。久利生たちは総出で赤い服の男を探し始める。居酒屋の海に飛び込み、逃げた可能性があった。

結：検察特捜部の狙い

居酒屋で合コン中に撮影した遠藤の写メ画像の背後に、赤い服の男が映り込んでいた。その画像をもとに、再び久利生たちは赤い服の男を探し始める。

画像を警察官に見せると、即座に暴力団員であることが判明した。警察の捜査で、まもなく真犯人が逮捕された。ズボンに付着した被害者のDNAから、犯行が明らかとなった。動機は、先の衆院選で他の候補者への選挙妨害の報酬をめぐるトラブルだった。

検察特捜部は、政治家の反社会的勢力とのスキャンダル追求を目的として、遠藤は犯人ではないと明らかであったが、拘束し続けていたのだった。久利生は、遠藤に謝罪を要求する。首藤は、遠藤に謝罪した。

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