簡単に説明すると…
1) ウォルター･ホワイトは、化学の優秀な研究者だったが、現在は高校の化学教師だった。第2子を妊娠中の妻スカイラーと、脳性麻痺の息子ウォルター･ジュニアと3人で平凡な暮らしを送っていたが、50歳を迎えて間もなく、手術不能の肺癌と診断される。
2) 元教え子のジェシー・ピンクマンとともに、メタンフェタミン(メス)製造を試みるが、その販売に絡むギャングに命を狙われ、殺害せねばならなくなった。
3) 多くのトラブル発生に懲りたウォルターとジェシーだったが、ウォルターは肺癌の化学放射線療法および家族に残すカネが必要となり、メス製造を再開する。

高校の化学教師ウォルター･ホワイトは、第2子を妊娠中の妻スカイラーと、脳性麻痺の息子ウォルター･ジュニアと3人で平凡な暮らしを送っていた。

しかし50歳を迎えて間もなく、stageIIIAの肺癌で手術も不能、余命2年だと宣告される。自分の死後、残される家族の為に金を稼いでおきたいと考えたウォルターは、これまで培った化学の知識を生かして、高純度のメタンフェタミン(メス)を精製することを思いつく。

義理の弟のハンク・シュレイダーは、DEA（麻薬取締局）のエージェントであり、突入捜査に同行することで、ウォルターは精製工場を見学しに行く。その最中、現場付近から逃げ出すジェシー・ピンクマンを見かけた。彼は、元教え子だった。

ジェシーの住む亡くなったおばの家を訪れたウォルターは、「黙っている代わりに、メスを作り、売ることを手伝え」と迫る。キャンピングカーで、学校から持ちだした薬品・実験器具を利用し、メスの精製を開始。

ジェシーは、売人にメスを売ろうとするが、逆に脅され、ウォルターとともに、命の危険を感じる。キャンピングカーの中で、精製すると見せかけ、ウォルターは有毒ガスを発生させ、売人の1人を死亡させる。

生き残ったギャングを、ジェシーの自宅の地下室に監禁する。ここまできてはもう後戻りはできないと悟る2人。どうやってギャングの死体を始末するか、そしてまだ息のある方をどう処理するのか、2人の意見はなかなかまとまらない。話し合いの末、ウォルターは学校から化学薬品を持ち出し、遺体を溶解することにした。
葛藤の末、監禁していたギャングの命をウォルターが奪う。割れた皿の破片が足りなく、それを隠し持っていることを知ったウォルターは、やむなく殺害するしかなかったのだった。ジェシーは、ますます後には退けない状況に立たされていることを確信する。不信な行動に言い逃れできなくなったウォルターは、遂にスカイラーに自分の病気を打ち明ける。

2人のギャングはウォルターたちにより葬られたが、ハンクがその2人を追っていることをウォルターは知る。ウォルターの家族と友人たちは彼の癌治療のためにあらゆる試みをする。病気の治療にかかる莫大な費用をどう調達するのか、頭を抱えるウォルター。一方でジェシーも苦悩していた。馴染みの客からメスを頼まれてしまい、何としてでも追加で製造しなくてはならなくなった。

ウォルターは、昔の仕事仲間から治療の資金援助の申し出を受ける。自分を裏切り共同開発を独り占めした男だ。周囲との思いとは裏腹に、素直になれず落ち込むウォルター。息子ジュニアは自分よりもハンクに親しみを感じ、妻のスカイラーは独りよがりな治療のアドバイスを自分に押し付けてくる。ジェシーは、メスの精製を再開することを提案する。

妻・スカイラーのため、彼女が望む治療を受ける決心をしたウォルター。化学療法と放射線治療を受けるが、それには莫大な治療費が必要だった。

メス製造のために必要な薬品・器材を盗み出したウォルターとジェシーだったが、ハンクの捜査の手は徐々にウォルターに伸びていた。ジェシーはトゥコという大物ボスを紹介され大掛かりな取引を提案する。取引を提案するジェシーだったが、殴られて負傷してしまう。ウォルターは自作の爆薬を手にトゥコのところまで出向き、取引を成立させる。

トゥコの求める大量のドラッグを確保するためには、充実した器材と薬品が必要となる。ウォルターは製造に不可欠な薬品・メチルアミンを入手するためジェシーと共に町の化学薬品保管庫に侵入し、薬品を盗み出すことに成功する。ジェシーの自宅地下室に器材を設置しなおし、いよいよ本格的なメス製造を再開させる。

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