簡単に説明すると…
1) ハンクに、ゲイルからウォルターがもらった本を見つけられてしまい、ウォルターこそがメス製造を行っていたハイゼンベルクであると知られてしまう。
2) ウォルター逮捕に執念を燃やすハンクは、ジェシーを味方につけ、ウォルターを罠にかけて現金の埋められた場所を見つけ出す。
3) ジェシー殺害を依頼していたトッドの叔父にハンクを殺害されてしまい、さらにはカネを奪われた復讐を果たし、ウォルターは死亡する。

ガス･フリング殺しの後始末(監視カメラの映像が残っているガスのノートパソコンを、DEAの押収室に強力な電磁場を発生させ、データを消去した)にウォルターが奔走する一方、ハンクはガスが築いたビジネスの調査をまとめ始める。

ガス･フリングとつながる証拠を全て始末したウォルターとジェシーは、ビジネスを再開するためマイクに協力を依頼する。ガスへ化学薬品を供給していたドイツの食品会社に捜査の手が近づく。マイクはビジネスが暴露されないよう、カネを払う代わりに仲間に口止めを行う。

新しいラボを立ち上げるため入念に計画をたてるウォルターだったが、新パートナーとなったマイクに利用されているのではないかと気を揉む。

メス精製の原料となる薬品をガス･フリングへ供給していたドイツ系食品会社にDEAが詰め寄る。危険を案じ子供たちをマリーの家に移すというスカイラーの計画を、ウォルターは阻止しようとする。

メス精製のために新しい原料供給元が必要になったウォルター、ジェシー、マイクの3人は大胆な案を考え出す。メチルアミンを大量に輸送する貨物列車を踏切りで立ち往生したクルマで足止めし、盗み出すという作戦だった。スカイラーは、子供たちをマリーの家に移すという条件でビジネスへの協力を約束する。

マイクとジェシーはドラッグビジネスから足を洗おうと提案する。決死の列車強盗で手に入れた大量のメチルアミンを競合に売り飛ばし、その金で引退しようというのだ。しかし、ウォルターは合意しない。

ウォルターが、大量のメチルアミンを誰にも渡さず、ビジネスをさらに拡大するという、大胆な計画を思いつく。買い手に「売上の35%を渡せば、製造を行う」と、自ら製造役を行う、と提案したのだった。一方、DEAの捜査が一気にマイクへと近づき、マイクは逃亡を図ろうとしていた。逃亡用の資金を渡しに行ったウォルターは、マイクのあまりに感謝のない態度に腹を立て、殺害してしまう。
ウォルターはDEAの調査から逃れるため、ガスのメスビジネスと自分を繋ぎうる者を皆排除していく。マイクの仲間たちもそしてリディアと組んだチェコへの展開により利益が跳ね上がっていった。

メス･ビジネスから手を引き、普通の生活に戻ろうとするウォルター。しかしジェシーが大金をバラまいてしまう。また、ハンクは、ウォルターの家のトイレにあった本から、ゲイルとウォルターの繋がりを見つけ出す。そして、ウォルターこそが悪名高いハイゼンベルクだという真相に行き当たる。一方、ウォルターは肺癌が再発し、化学療法を再開していた。

ウォルター逮捕に執念を燃やすハンク。一方、ウォルターは、ハンクに突き止められる前に、証拠を隠そうと奔走する。ウォルターは、唯一の証拠である大量の現金を荒野に隠す。ハンクとマリーは子供たちを引き取ろうとするが、スカイラーがそれを阻止する。

ウォルターはハンクの動きを封じるため、「ハンクに、メス製造を強要された」と証言するVTRを作成し、逆にハンクを窮地に陥れる。

ハンクはジェシーと会い、寝返るよう説得する。そしてジェシーはウォルターと決別する時が来たと覚悟を決める。一方、アシスタントとして仲間に入れていたトッドは、ウォルターからメス･ビジネスを引き継いでいた。

ジェシーは、名前を変え、新たな人生を再出発させようとしていたが、弁護士ソウルのボディガードに、大麻を盗られたことから、「元恋人の子供に毒を持ったのが、ウォルターだった」という事実を確信する。ウォルターはジェシーが家に押し入り、火をつけようとした。だが、ジェシーを尾行していたハンクにより、阻止される。ウォルターは家族を守るため、少しの間ホテルに避難することに。ジェシーは、ウォルターを逮捕するためにハンクと手を組むことにする。

ジェシーとハンクは、ウォルターを捕まえるためにある作戦を立てる。弁護士ソウルのボディガードから、「ウォルターは、大きな缶に入れた大量の資金をどこかに埋めたはずだ」と聞いたハンクは、ジェシーの携帯から缶に入り、地中に埋められた現金の画像を送らせる。そして、「現金が埋められた場所に来なければ、このカネを燃やす」とジェシーに脅させた。

ウォルターは動揺し、その作戦に引っかかってしまう。カネのありかをハンクに知られてしまい、逮捕される。だが、ハンクが来る直前、トッドの叔父にジェシー殺害を依頼しており、銃撃戦になってしまう。結果、ハンクは殺害されてしまう。「8千万ドルのカネをやるから、ハンクの命は助けてくれ」と懇願するが、ハンクは殺害され、1千万ドルのみを残され、カネは奪われてしまう。

ウォルターは逃亡を余儀なくされ、ジェシーはトッドたちに監禁されてしまう。スカイラーは、息子に真実を話すことを決意する。結果、ウォルターは家族にも悪事を知られてしまい、一緒に逃亡するという望みも絶たれてしまう。

娘を誘拐し、警察が電話の内容を聞いていることを知った上で、ウォルターは「妻は何も知らない。私1人がやったことだ」と告げ、妻の関与を否定する。

名前を変え、人里離れた山小屋に身を隠しながら孤独な日々に耐えるウォルター。一方、ジャックたちに監禁されているジェシーは脱走を企てるのだが、失敗し、元恋人を殺害されてしまう。「次は子供の命だ」と脅され、メス作りを継続させられる。

ウォルターは、ハンクを殺された上にカネを奪われたトッドの叔父に復讐するために、再び舞い戻る。襲撃の直前、ウォルターはかつての仕事仲間の富豪の元を訪れる。そして、「家族は私からではカネを受け取らない。君たちから、善意からの寄付として渡して欲しい」と依頼する。また、最後に妻・娘に会い、別れを告げる。そして、妻には「ハンクの遺体が埋められた場所を私から教えられたと言い、検事と交渉しろ」と、GPSの場所の書かれた紙を渡す。

ウォルターは、トッドに「メスのメチルアミンを利用しない精製方法を教えるから、カネを払って欲しい」と告げ、トッドの叔父に会わせてもらいたいと願い出る。そして、窓の外に停めたクルマからマシンガンの自動発射装置を作動させ、トッドの叔父たちを倒す。その場に連れてこられていたジェシーに、「殺してくれ」と願い出るが、ジェシーは負傷したウォルターの腹部を見ると、その場から逃亡する。ウォルターは、メス製造の作業場を訪れると、愛おしそうに装置を触りながら、死を迎えた。

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