簡単なあらすじ

1) 悪の組織・フット軍団に、ミュータント・タートルズというカメの突然変異体が立ち向かう。
2) その様子を見かけたテレビレポーター・エイプリルが彼らを追うが、実はエイプリルの父こそが、カメの変異体の実験を行なっていた研究者だったのだ。だが、その研究途中、共同研究者のシュレッダー(現在のフット軍団のリーダー)が邪悪なことに研究を使用しようとしていたため、エイプリルの父は研究室を燃やし、自らも殺害されてしまう。そして、実験台だったネズミ、カメを幼い日のエイプリルは、下水道に避難させていたのだった。
3) シュレッダーとの激しい戦闘となるも、ミュータント・タートルズは打ち勝つのだった。

起：フット軍団の脅威

悪の組織・フット軍団が、ニューヨークで日に日に勢力を拡大していた。チャンネル6のレポーター、エイプリル(ミーガン・フォックス)は、スクープをモノにしようと調査を行なっている中、港で働く男性から、フット軍団がコンテナ強奪を企んでいる、という情報を掴む。

フット軍団を追いかけていた港で、ある光景を目撃する。闇にまぎれて突然現れた何者かが、フット軍団を叩きのめしたのだ。だが決定的瞬間をカメラで捉えることができず、上司のトンプソン(ウーピー・ゴールドバーグ)にも信じてもらえない。そんな中、ニューヨーク市は犯罪対策として、サックス社との契約を更新する。一方、フット軍団のリーダー・シュレッダー(トオル・マサムネ)は、自警団らしき者を排除しようと動き出す。

エイプリルの亡き父オニール博士は、社の代表であるサックス(ウィリアム・フィクトナー)とかつて同じ研究所で働いていたが、フット軍団に火を放たれて命を落としていた。

承：ミュータント・タートルズ

ある夜、フット軍団が地下鉄の駅を襲撃。エイプリルが駆けつけると、彼女はフット軍団に捕まり、人質とされてしまう。そこで、フット軍団の副リーダー・カライは、自警団に姿を現さなければ人質を殺す、と言う。

現れた自警団は、ニンジャの技で軍団を蹴散らし、SWATの到着と共に退却する。そんな彼らを追いかけ、撮影に成功したエイプリルは、フラッシュに気付いた彼らを間近で見て、気絶してしまう。4人のヒーローの正体は、人間の言葉を話す身長180 cmのカメだったのだ。

レオナルド、ラファエロ、ミケランジェロ、ドナテロという名のニンジャで、ミュータントでティーンエイジャーのタートルズ。意識を取り戻したエイプリルはその名を聞いて、亡き父との研究所での過去の記憶がぼんやりと蘇るのだった。研究室では、ルネッサンス計画と呼ばれる研究で、ネズミのスプリンターと、4匹のカメたちに、突然変異を起こす物質を投与していたのだった。

ドナテロは、自分たちの写真を削除し、忘れる他言しないよう釘を刺す。地下の隠れ家へ帰ったタートルズは、勝手な行動を取ったことを師匠のネズミ・スプリンターに叱られ、エイプリルを捜せと命じられる。

転：フット軍団の襲撃

エイプリルは、上司に「昨夜、活躍したヒーローがは亀だ」と報告。そんな彼女を冷ややかに見る上司トンプソンは、エイプリルをクビにする。エイプリルは、父と共同研究を行なっていた研究者・サックス博士のもとを訪れ、カメが突然変異を起こし、ヒーローとして活躍していることを明かす。

その後、タートルズに呼び出されたエイプリルに、スプリンターの口から彼女の父の死の真相が語られる。「エイプリルの父 カービー・オニール博士は、サックス、シュレッダーと共同研究していたが、シュレッダーが悪事を企んでいることに気付いたオニール博士は、自らの命を犠牲にして研究室を燃やした」のだという。

幼いエイプリルは、スプリンターとタートルズを救出し、下水道に避難させたのだった。スプリンターは突然変異を遂げ、4匹のカメを息子として育てたのだ。自ら覚えたニンジャ技を彼らにも習得させたのだった。

エイプリルが、サックスにもカメたちのことを話したことを伝えると、実はサックスこそがエイプリルの父を裏切り、殺害した犯人であるとスプリンターに明かされる。もちろん、そのことはフット軍団のリーダー・シュレッダーの耳にも入り、フット軍団が彼らを襲撃しに来た。

結：シュレッダーとの激闘

ミュータント・タートルズとの激しい戦いとなる。ミケランジェロは、エイプリルを安全な場所に避難させるが、その間に、レオナルド、ドナテロ、ミケランジェロは捕まってしまう。

スプリンターは、シュレッダーと戦い、「レオナルド、ドナテロ、ミケランジェロを救ってくれ」と頼む。エイプリルは、ラファエロとともに、サックス屋敷の地下にある研究室に向かう。そこに、レオナルドとドナテロとミケランジェロは拉致されていた。

ラファエロがシュレッダーを相手に戦っている間、エイプリルは囚われの身の3人にアドレナリンを注射し、檻から脱出させる。合流するも、シュレッダーに逃げられ、トラックをハイジャックして追跡する。だが、フット軍団の副リーダー・カライらが再び襲撃してくるが、彼らを倒す。そして、ニューヨークに毒素をまき散らすシュレッダーの計画を阻止すべく、フット軍団に挑むのだった。

シュレッダーは、電波塔に装置を取り付け、毒素を撒き散らそうとしていた。激しい戦いで、電波塔が崩壊しそうになるが、ミュータント・タートルズは必死で支える。塔は崩れるが、命からがら彼らは助かるのだった。一方、落下したシュレッダーの周りには人だかりが出来ていた。

シュレッダーの持っていた突然変異の物質を手に入れ、タートルズはスプリンターを救うことができた。

その後、ヴァーンは、テレビ局で借りた新車でエイプリルを、デートに誘うが、断られる。そこに、現われたのが、バンに乗ったミュータント・タートルズが現れ、エイプリルに礼を言う。

だが、そのとき、たまたまロケットを発射させてしまい、ヴァーンの新車は破壊されてしまう。ミュータント・タートルズは、バンに乗るように言うが、エイプリルとヴァーンは「地下鉄に乗って帰る」と、別れを告げるのだった。


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