簡単なあらすじ

1) ニューヨーク市警(NYPD)の刑事であるジェームズ・エドワーズ(ウィル・スミス)は、逃走中の犯人を追跡。その犯人は、エイリアンだった。同じくそのエイリアンを追っていたMIBのK(トミー・リー・ジョーンズ)は、ジェームズをMIBにスカウトする。
2) ジェームズは、Jとして、MIBのエージェントになる。JとKは、「銀河系」なる小さなエネルギー体を奪いにやってきたエイリアン・バグを追跡する。
3) 銀河系を奪われた異星人に、あわや地球を消滅させられそうになるが、JとKはバグを倒し、銀河系を奪い返す。JはMIBエージェントとして活躍を続け、KはMIBでの記憶を消し、一般人に戻るのだった。

起：ジェームスとKの出会い

ニューヨーク市警(NYPD)の刑事であるジェームズ・エドワーズ(ウィル・スミス)は、逃走中の犯人を追跡中、男が二枚のまぶたで瞬きをするのを目撃した。やがて彼の前に、黒いサングラスに黒いスーツ姿の男・K(トミー・リー・ジョーンズ)が現れ、地球上のエイリアンを監視する機密機関の者だと名乗った。

彼を伴って、Kは質屋に向かい、いきなり主人のジープス(トニー・シャロウブ)の頭を銃でぶっ飛ばすが、その体は瞬く間に再生してしまう。驚くジェームズに、Kはペン型ライトを見せ、ライトが光った瞬間、ジェームズの今夜の記憶は消えていた。

承：MIBへ

翌朝、ジェームズはKの残していった名刺に書かれた住所を訪れる。そこはMIB(メン・イン・ブラック)の施設であり、政府の最高機密機関だった。

Kとその上司Z(リップ・トーン)の説明によると、その任務はエイリアン受け入れのための移民局を運営し、地球上での彼らの行動を監視し、その存在を世間から隠すことだった。
地球には現在、1,500ものエイリアンがいるという。実際、局内にはエイリアンが働いていた。ジェームズは刑事を辞め、MIBに入ることを決意する。彼の存在を証明するデータは全て抹消され、Kは、MIBの新人エージェントとして働くこととなった。

その頃、ニューヨーク郊外に円盤が墜落、バグという宇宙で最も凶悪なエイリアンが地球に無断侵入していた。バグは農夫エドガー(ヴィンセント・ドノフリオ)を襲い、その皮膚を着てニューヨークに向かった。

転：バグの追跡

KとJは、バグを追跡する。エドガーの姿を借りたバグは、宝石商ローゼンバーグを殺害。死体を見た検死官補・ローレル博士（リンダ・フィオレンティーノ）は、死体の内臓が消失していたことに首をひねる。

KとJが現れると、死体の頭部が開く。その男は、実はロボットであり、その内部には瀕死の小さなエイリアン・アルキリアン帝国の王族が入っていた。「戦争を阻止しろ。銀河系はオリオンのベルト…」とメッセージを残し、王子は息絶えた。

MIB本部に戻ると、エイリアンたちが次々と地球を離れていた。また、「銀河系を返せ」とのメッセージが届けられる。銀河系とは、貴重な原子エネルギー源であり、それを狙ってバグは地球にやってきたと判明する。そして、「オリオンのベルト」とは、ローゼンバーグの愛猫・オリオンがしていた首飾りだった。

結：バグとの決着

エドガーの姿のバグが、銀河系を奪って逃亡。バグは、ニューヨーク郊外の万博跡地のツイン・タワーに隠された円盤へと向かっていた。

一方、アルキリアン帝国は、「1時間以内に銀河系を返さなければ、地球を滅ぼす」と通告する。KとJは、バグを追跡するが、円盤は飛び立ってしまう。KとJは、その円盤を撃墜。エドガーの皮を剥いだバグは、巨大なゴキブリ型エイリアンの正体を現して襲いかかる。武器を奪われたKは、バグに飲み込まれるが、バグの肚の中で銀河系を見事奪還し、破って外に飛び出す。

事件を解決したKは、自分自身の記憶を消すと、一般人としての生活に戻った。一方、Jは検死官補のローレルをMIBのエージェントにスカウトし、MIBで働き続けるのだった。

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