簡単なあらすじ

1) ニューヨークの公園にカイロシアン星人・サーリーナ(ララ・フリン・ボイル)が、強大な力を持つとされる「ライト・オブ・ザルタ」を求めてやってくる。サーリーナは、MIBの本部を占拠して「ライト・オブ・ザルタ」のある場所を探る。
2) 「ライト・オブ・ザルタ」は、過去の事件に関わるものであり、その事件はMIBを引退したK(トミー・リー・ジョーンズ)が担当したのだった。そのため、J(ウィル・スミス)は、Kの記憶を取り戻させ、「ライト・オブ・ザルタ」の行方を追う。
3) JとKは再びコンビを組み、サーリーナを撃破。「ライト・オブ・ザルタ」の正体だった、惑星ザルダンの王女ロラーナの娘・ローラを無事逃がすのだった。

起：サーリーナの登場

5年前(前作)、K(トミー・リー・ジョーンズ)と共に地球の危機を救ったJ(ウィル・スミス)は、今やMIBでもエリート捜査官になっていたが、Kの引退以来パートナーが見つからず、ついには上司Zからパグ犬エイリアンのフランク＝エージェントFを相棒に任命されてしまう。前作で相棒となったLことローレル・ウィーバー（リンダ・フィオレンティーノ）は、検死官に戻りたがっていたためにコンビを解散し、検視官に戻っている。

一方、ある日、ニューヨークの公園にカイロシアン星人・サーリーナ(ララ・フリン・ボイル)が、密かに降り立った。そこで、サーリーナが殺人事件を引き起こし、その捜査にMIBが乗り出し、サーリーナが地球にやってきていることが判明する。

承：Kの復帰

サーリーナは、セクシー・ランジェリーのモデルに化け、強大な力を秘めた「ライト・オブ・ザルタ」を探していた。手がかりを追い、サーリーナは、MIBの本部全体を人質に取ってしまう。

辛くも難を逃れたJは、本人の志願により記憶を消され、田舎の郵便局で働いているKを訪ねる。そもそも25年前、カイロシアン星人に追われ滅んだ惑星ザルダンの王女・ロラーナから「ライト・オブ・ザルタ」を託された処理をしたのがKであった。

記憶を回復させる装置は、MIB本部にあるため、使用することができなかった。そのため、Jは民間の装置を利用し、Kの記憶を回復させる。

転：「ライト・オブ・ザルタ」の真実

惑星ザルダンの王女・ロラーナを目の前で殺害されてしまったKは、ロラーナに託されたブレスレットを、ロラーナの娘・ローラに渡していた。

そのため、Kはローラに連絡して、彼女に会いに行こうとする。だが、その電話の内容をサーリーナが盗聴しており、ローラは捕らえられてしまっていた。KとJのコンビは、MIB本部に入り、ローラを救い出す。追いかけてきたサーリーナは、エイリアンに捕食させた。

「ライト・オブ・ザルタ」は、ブレスレットではなく実はローラ自身のことであることがKから明かされる。Kとロラーナは愛し合っており、ロラーナは一人娘をKに託したのだった。

結：ローラとの別れ

捕食されたジェフを吸収し、巨大化したサーリーナが現れた。KとJは、ローラを宇宙船に乗せ、逃げさせる。だが、サーリーナは執拗にローラを追跡し、そんなサーリーナをKとJは倒す。

ローラに好意を寄せていたJは、ローラがいなくなったことを寂しく思い、同僚たちに慰められるのだった。

【補足】
マイケル・ジャクソンが、カメオ出演している。

自ら、監督のバリー・ソネンフェルドに何回も電話でエージェントM役での出演願いを申し出たが、叶わなかったため、カメオ出演となっている。

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