簡単なあらすじ

1) 月面の刑務所から、凶悪なボグロダイト星人・ボリスが脱獄。逮捕したK(トミー・リー・ジョーンズ)に復讐をしようとしていた。さらには、ボグロダイト星人の地球侵略を可能にしようと狙っていた。
2) ボリスは、タイムマシンで過去に戻り、若かりし頃のKを殺害。さらには、Kがアポロ11号にとりつけ、張り巡らしたバリアを張ることを阻止した。結果、Kの存在は消え失せ、ボグロダイト星人が襲来してきていた。
3) J(ウィル・スミス)は、ボリスの狙いを阻止すべく、タイムマシンで過去に戻る。若いKとともに、ボリスを倒し、Kを救うとともに地球もボグロダイト星人の侵略から守られた。

起：ボリスの脱獄

MIB（メン・イン・ブラック）と呼ばれる、地球で暮らすエイリアンを監視・統制する機関で、エージェントJ(ウィル・スミス)とK(トミー・リー・ジョーンズ)は、今日もエイリアンたちを監視し、その暴走を取り締まるべく奔走していた。

ある日、Jは単独で事件を追うKを不審に思い、その真相を問い詰めるも全く取り合ってもらえなかった。実は、月面にあるルナマックス銀河系刑務所から、凶悪なボグロダイト星人・ボリスが脱獄し、逮捕したKに復讐しにやってきているとの情報が入ってきていたのだった。そのため、Kは単独で捜査に乗り出し、ボリスの行方を探していたのだった。

承：消えたK

翌日、不信感を募らせたJはKを探すが、どこを探してもKの姿が見当たらない。Kがいた痕跡すら消されてしまっていたのだった。さらにMIBの上司からは、「Kは40年前に亡くなった」と言われてしまう。

さらに、エイリアンの侵略が一斉に始まり、地球は未曽有の危機に陥っていた。実は、ボグロダイト対策にKが備え付けた「アークネット」というバリアがあったのだが、それもなぜか消失しており、ボグロダイトは地球侵攻を開始していたのだった。

理解不能な状況に、Jは、ボリスがタイムマシンを使用し、過去を書き換えたのではないかと考える。

Jは、タイムマシンのある電気屋を訪れ、Kの"命日"に向かうことにした。そこには29歳の若い姿のKがおり、「未来から来た相棒」というJを警戒する。だが、一緒に行動をともにする内に、徐々にKはJの言うことを信じるようになる。

転：グリフィンとの出会い

KとJは、アークネットを開発した宇宙人・グリフィンと出会う。グリフィンの母星は、ボグロダイトに滅ぼされており、地球が同じ運命を辿らないよう警告される。グリフィンには、予知能力があった。

グリフィンからアークネットを手渡され、JとKは、6時間後に発射されるアポロ11号に取り付けるよう指示を受ける。それを敢行する彼らだったが、事情を知らない軍人たちに高速されてしまうが、グリフィンの予知能力を信用した大佐によって解放される。

結：ボリスとの決着

JとKはロケット発射台で、現在のボリスと69年当時のボリスに遭遇する。J、Kは、それぞれボリスと対峙し、倒す。現在のボリスはロケットのブースターで焼死した。アークネットも無事、宇宙空間で機能した。

だが、1969年当時のボリスが再び現れ、大佐を射殺。以前、Kはボリスを捕らえるだけであったが、今度は逮捕だけではなく、ボリスを射殺した。

地球は救われることとなるが、大佐は死亡してしまう。そこに、大佐の息子・ジェームズが、父親を探して降りてきた。その息子こそが、Jだったのだ。大佐の死で悲しませたくないKは、ジェームスの記憶を消し、「お父さんは英雄だ」と伝えた。

過去は再び正しい方向に書き換えられ、現在に戻ってきたJは、Kと無事、再会するのだった。

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