簡単なあらすじ

1) テロリストであるカート・ヘンドリクス(ミカエル・ニクヴィスト)は、人口抑制や新たな人類の進化のため、ロシアの原子力潜水艦から核ミサイルを発射しようと企てていた。
2) ロシアの刑務所に拘束されていたイーサン・ハント(トム・クルーズ)は、IMFの手助けにより脱獄。カートのテロを阻止するべく作戦を開始する。だが、その中でイーサンたちは、ロシアでの爆破事件の犯人と断定されてしまう。
3) アメリカ合衆国大統領は、関与を否定するために「ゴースト・プロトコル」を発動。IMFは事実上解体され、イーサンは後ろ盾をなくして逃亡者の身となってしまう。
4) カートはミサイルを発射するのだが、イーサンがカートを倒し、サンフランシスコに直撃する直前に阻止できた。

起：イーサン・ハントの脱獄

秘密組織IMFのエージェントであるトレヴァー・ハナウェイ(ジョシュ・ホロウェイ)は、ハンガリーのブダペストで、"コバルト"というコードネームの人物に渡されるはずの秘密ファイルを奪う作戦に参加していた。

簡単な任務のはずだったが、ファイルを狙う別の組織が現れて銃撃戦となる。やがて、トレヴァーは、女殺し屋のサビーヌ・モロー(レア・セドゥ)によって殺害され、ファイルも奪われてしまう。

トレヴァーのチームリーダーであるジェーン・カーター(ポーラ・パットン)と、新たに現場エージェントに昇格したベンジー・ダン(サイモン・ペグ)が、イーサン・ハント(トム・クルーズ)と、イーサンと親しい情報屋であるボグダン(ミラジ・グルビッチ)をモスクワの刑務所から脱獄させる。

承：コバルト追跡

イーサンは、IMFの指令によって"コバルト"の正体を探るため、ジェーンとベンジーとともに、軍人に変装してクレムリンに侵入する。だが、IMFの連絡無線の周波数を知っている別組織に先手を打たれ、爆破テロに巻き込まれてしまう。

病院で目覚めたイーサンは、ロシア諜報員のアナトリー・シディロフに、爆破テロの首謀者であると決め付けられる。イーサンは、その場から逃亡し、IMFに救助を求める。イーサンは、IMF長官に会い、「ロシア政府は、爆破テロをアメリカ合衆国によるものであると信じ込んでいる」と知らされる。

さらに、アメリカ合衆国大統領は、関与を否定するために「ゴースト・プロトコル」を発動させていた。「ゴースト・プロトコル」とは、アメリカ政府が非合法の秘密作戦に対して一切の関与を否定するというものである。よって、アメリカ政府の後ろ盾をなくしたイーサンたちは、テロリストとして追われる立場となってしまった。

IMF長官は、"コバルト"追跡のため、イーサンの逃亡に手を貸すが、ロシア諜報員・アナトリー率いる部隊に銃撃され、長官は死亡する。イーサンは、長官に同行していた分析官のウィリアム・ブラント(ジェレミー・レナー)と脱出し、ジェーン、ベンジーとともに作戦を続行する。

転：カート・ヘンドリクス

クレムリンを爆破した真犯人は、カート・ヘンドリクス(ミカエル・ニクヴィスト)という男で、彼こそがコバルトの正体だった。

カートは、元スウェーデン特殊部隊にいたこともあり、その後、ストックホルムで大学教授に就任。「人類の次の進化のためには核兵器による浄化が必要」という危険な思想の持ち主だった。

カートは、核兵器発射制御装置を盗むためにクレムリンに潜入し、その盗難を隠蔽するためにクレムリンそのものを爆破したのだった。サビーヌがトレヴァーから奪ったファイルには、カートの奪った装置を起動するための暗号が記されているのだった。

イーサンたちは、モローとヘンドリクスの部下が取引する手筈になっているドバイにあるブルジュ・ハリーファ・ビルに潜入。ジェーンが女殺し屋・サビーヌに成りすまし、イーサンと分析官・ウィリアムが、カートの部下に成りすますことにより、お互いに取引が成立したと思わせ、カートに偽暗号をつかませる、という作戦だった。

ただ、最新鋭のセキュリティで守られたビルに為す術もないイーサンたちは、130階にあるサーバールームへ、外から侵入する以外に方法はなかった。満足な準備もできず、作戦に臨むが、その中でいーさんたちはカートを取り逃がしてしまう。

結：サンフランシスコの危機

イーサンは、刑務所で知り合った情報屋である武器商人に話を聞き、「カートはインドのムンバイに向かった」と告げられる。

カートは、ムンバイでロシアの原子力潜水艦から核ミサイルを発射しようとしており、イーサンたちはそれを阻止しようと奮闘する。だが、一歩及ばず、カートは核ミサイルを発射してしまう。

仲間たちが必死に核兵器発射制御装置の命令変更を試みている中、イーサンは、カートと激しい格闘になる。カートを倒したイーサンは、制御装置を押し、サンフランシスコにミサイル直撃の危機は回避された。

クレムリンでの爆破テロの疑いが晴れ、イーサンはアメリカに戻り、新たな作戦を開始するのだった。

トリビア

・「ゴースト・プロトコル」とは、アメリカ政府が非合法の秘密作戦に対して一切の関与を否定する、つまりIMFの組織そのものが存在しない物(ゴースト)という取り決め(プロトコル)である。

・ブラッド・バード監督は、『Mr.インクレディブル』や『レミーのおいしいレストラン』などのアニメーション映画で知られる映画監督である。実写映画の監督は、本作が初めて。

・『Mission: Impossible 4』というタイトルで製作が発表されたが、プロデューサーを兼任したクルーズは、「このシリーズは、数字の付かないタイトルがいいと思っていたんです」と語っており、結果、『ミッション：インポッシブル ゴースト・プロトコル』となった。

・BMWがメイン・オートモーティブ・パートナーであり、劇中のイーサン・ハントが運転する車3台は全てBMW。

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